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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a0d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Polygonatum cyrtonema lectin (PCL) complexed with monomannoside | ||||||
![]() | Mannose/sialic acid-binding lectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism II / Lectin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ding, J. / Wang, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of a novel anti-HIV mannose-binding lectin from Polygonatum cyrtonema Hua with unique ligand-binding property and super-structure 著者: Ding, J. / Bao, J. / Zhu, D. / Zhang, Y. / Wang, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11962.332 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-138 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-MMA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONFLICT BETWEEN THE SEQUENCE OF THE PROTEIN AND DATABASE (UNP Q8L568; Q8L568_9ASP) MAY BE ...THE CONFLICT BETWEEN THE SEQUENCE OF THE PROTEIN AND DATABASE (UNP Q8L568; Q8L568_9ASP) MAY BE ARISED FROM THE NATURAL MUTATION IN THE PROTEIN OR THE ERRORS IN CDNA SEQEUNCING | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.0M LiSO4, 2% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→45.17 Å / Num. all: 10912 / Num. obs: 10885 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1566 / Rsym value: 0.349 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3A0C 解像度: 2.2→45.16 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 68.92 Å2 / Biso mean: 23.2 Å2 / Biso min: 2.68 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å
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