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- PDB-3a0d: Crystal Structure of Polygonatum cyrtonema lectin (PCL) complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a0d
タイトルCrystal Structure of Polygonatum cyrtonema lectin (PCL) complexed with monomannoside
要素Mannose/sialic acid-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism II / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / Mannose/sialic acid-binding lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Polygonatum cyrtonema (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ding, J. / Wang, D.C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of a novel anti-HIV mannose-binding lectin from Polygonatum cyrtonema Hua with unique ligand-binding property and super-structure
著者: Ding, J. / Bao, J. / Zhu, D. / Zhang, Y. / Wang, D.C.
履歴
登録2009年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannose/sialic acid-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6377
ポリマ－11,9621
非ポリマー6746
水2,036113
1
A: Mannose/sialic acid-binding lectin
ヘテロ分子

A: Mannose/sialic acid-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,27414
ポリマ－23,9252
非ポリマー1,34912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area5830 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area9330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.460, 76.460, 61.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mannose/sialic acid-binding lectin


分子量: 11962.332 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-138 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Polygonatum cyrtonema (植物) / 株: HUA / 参照: UniProt: Q8L568
#2: 糖 ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONFLICT BETWEEN THE SEQUENCE OF THE PROTEIN AND DATABASE (UNP Q8L568; Q8L568_9ASP) MAY BE ...THE CONFLICT BETWEEN THE SEQUENCE OF THE PROTEIN AND DATABASE (UNP Q8L568; Q8L568_9ASP) MAY BE ARISED FROM THE NATURAL MUTATION IN THE PROTEIN OR THE ERRORS IN CDNA SEQEUNCING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0M LiSO4, 2% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.17 Å / Num. all: 10912 / Num. obs: 10885 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1566 / Rsym value: 0.349 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A0C

3a0c


解像度: 2.2→45.16 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1120 -RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 10885 99.8 %-
all-10912 --
原子変位パラメータBiso max: 68.92 Å2 / Biso mean: 23.2 Å2 / Biso min: 2.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.164 Å20 Å20 Å2
2---1.164 Å20 Å2
3---2.328 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数843 0 38 113 994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0053
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 125 -
Rwork0.246 --
obs-1075 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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