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万見
- PDB-3a0b: Crystal structure of Br-substituted Photosystem II complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a0b
タイトルCrystal structure of Br-substituted Photosystem II complex
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 16
  • Cytochrome c-550
  • Photosystem Q(B) protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / MULTI-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX / Herbicide resistance / Iron / Membrane / Metal-binding / Photosynthesis / Photosystem II / Thylakoid / Transmembrane / Transport / Heme / Reaction center
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
photosynthetic oxygen evolving center fold / photosynthetic oxygen evolving center domain / Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit ...photosynthetic oxygen evolving center fold / photosynthetic oxygen evolving center domain / Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BROMIDE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-MGE / OXYGEN EVOLVING SYSTEM / PHEOPHYTIN A ...BETA-CAROTENE / BROMIDE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-MGE / OXYGEN EVOLVING SYSTEM / PHEOPHYTIN A / Chem-PQ9 / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II extrinsic protein V / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kawakami, K. / Umena, Y. / Kamiya, N. / Shen, J.-R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Location of chloride and its possible functions in oxygen-evolving photosystem II revealed by X-ray crystallography
著者: Kawakami, K. / Umena, Y. / Kamiya, N. / Shen, J.-R.
履歴
登録2009年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem Q(B) protein
B: Photosystem II core light harvesting protein
C: Photosystem II CP43 protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
X: Photosystem II reaction center protein X
Y: Photosystem II reaction center protein ycf12
N: Photosystem II reaction center protein Y
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem Q(B) protein
b: Photosystem II core light harvesting protein
c: Photosystem II CP43 protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
x: Photosystem II reaction center protein X
y: Photosystem II reaction center protein ycf12
n: Photosystem II reaction center protein Y
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)683,971170
ポリマ－585,58240
非ポリマー98,389130
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.589, 226.394, 307.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AaVv

#1: タンパク質 Photosystem Q(B) protein / 32 kDa thylakoid membrane protein / Photosystem II protein D1


分子量: 38295.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P51765
#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P0A387

-
Photosystem II ... , 16種, 32分子 BbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuXxYyNnZz

#2: タンパク質 Photosystem II core light harvesting protein


分子量: 54042.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: D0VWR1*PLUS
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 protein


分子量: 48763.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: D0VWR7*PLUS
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein


分子量: 38118.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: D0VWR8*PLUS
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H


分子量: 7170.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: P19052*PLUS
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I


分子量: 4052.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: P12240*PLUS
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: UniProt: Q7DGD4
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K


分子量: 3891.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: P19054*PLUS
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L / PSII 5 kDa protein


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P12241
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M


分子量: 4015.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: P12312*PLUS
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide


分子量: 26452.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: D0VWR2*PLUS
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T / PSII-Tc


分子量: 3620.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P12313
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein


分子量: 11095.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: P56152*PLUS
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein X


分子量: 3477.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: D0VWR4*PLUS
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein ycf12


分子量: 2999.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: D0VWR3*PLUS
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Y


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane
#20: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: PDB-3A0H, UniProt: D0VWR5*PLUS

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9477.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P12238
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
細胞内の位置: thylakoid membrane / 参照: UniProt: P12239

-
糖 , 1種, 8分子

#30: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 10種, 122分子

#21: 化合物 ChemComp-OEC / OXYGEN EVOLVING SYSTEM


分子量: 323.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O4
#22: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#23: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#24: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#25: 化合物
ChemComp-PQ9 / 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE


分子量: 612.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H64O2
#26: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#27: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#29: 化合物
ChemComp-MGE / (1S)-2-(ALPHA-L-ALLOPYRANOSYLOXY)-1-[(TRIDECANOYLOXY)METHYL]ETHYL PALMITATE / MONOGALACTOSYL-DIACYLGLYCEROL


分子量: 688.972 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H72O10
#31: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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詳細

構成要素の詳細THIS ENTRY IS PHOTOSYSTEM II COMPLEX
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細CHLORIDE IONS LOCATED IN THE OXYGEN-EVOLVING CENTER WERE SUBSTITUTED WITH BROMIDE IONS
配列の詳細THERE IS NO DATABASE REFERENCE FOR CHAINS B,C,D,H,K,M,O,U,Y, X, AND Z AT THE TIME OF PROCESSING. ...THERE IS NO DATABASE REFERENCE FOR CHAINS B,C,D,H,K,M,O,U,Y, X, AND Z AT THE TIME OF PROCESSING. FOR THE CHAINS, H, I, K, AND M, N-TERMINAL FRAGMENT OF THEM CAN BE REFERRED TO P19052, P12240, P19054, AND P12312, RESPECTIVELY. FOR THE CHAINS, NS, THE DEPOSITOR DID SEE THE ELECTRON DENSITY OF THEM BUT IT WAS TOO POOR TO ASSIGNE PROPERLY. NOR THE SEQUENCE OF THEM CAN NOT BE DESCRIBED IN THIS ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 1450, 40mM MgSO4, 10mM MgCl2, 25% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日
放射モノクロメーター: rotated-inclined double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 89037 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 26.3 / Num. measured all: 565579
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.732 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6038 / Rsym value: 0.732 / % possible all: 54.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AXT

2axt


解像度: 3.7→34.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 9352257.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.358 4200 5 %RANDOM
Rwork0.302 ---
obs0.302 83926 85.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 97.5035 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 167.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.84 Å20 Å20 Å2
2--32.09 Å20 Å2
3----62.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.93 Å0.77 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.42 Å1.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→34.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40924 0 7064 0 47988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d5.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.511 555 4.7 %
Rwork0.493 11331 -
obs--73.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION4psii_ligand_min.parampsii_ligand_min.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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