ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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AMoRE | | 位相決定 | X-PLOR | 3.1 | 精密化 | MARXDS | | データ削減 | MARSCALE | | データスケーリング |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→8 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.21 | 68 | 8.86 % | RANDOM |
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Rwork | 0.181 | - | - | - |
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obs | 0.184 | 729 | 90.48 % | - |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 165 | 0 | 6 | 171 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.008 | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_na1.15 | X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.15 | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_na | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_na | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d_prot | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.71 Å / Total num. of bins used: 8
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.262 | 5 | 5.61 % |
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Rwork | 0.115 | 76 | - |
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obs | - | - | 91.01 % |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM_NDBX.DNA / Topol file: TOP_NDBX.DNA |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.181 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 9.81 |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.115 |
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