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- PDB-363d: High-resolution crystal structure of a fully modified N3'-> P5' p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 363d
タイトルHigh-resolution crystal structure of a fully modified N3'-> P5' phosphoramidate DNA dodecamer duplex
要素5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
キーワードDNA / A-DNA / MODIFIED
機能・相同性AMMONIUM ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tereshko, V. / Gryaznov, S. / Egli, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998
タイトル: Consequences of Replacing the DNA 3'-Oxygen by an Amino Group: High-Resolution Crystal Structure of a Fully Modified N3'--> P5' Phosphoramidate DNA Dodecamer Duplex
著者: Tereshko, V. / Gryaznov, S. / Egli, M.
履歴
登録1997年11月26日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
B: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
C: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
D: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
E: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
F: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,77442
ポリマ－21,9156
非ポリマー85836
水3,603200
1
A: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
B: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,59114
ポリマ－7,3052
非ポリマー28612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
D: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,59114
ポリマ－7,3052
非ポリマー28612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
F: 5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,59114
ポリマ－7,3052
非ポリマー28612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.150, 40.150, 304.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-237-

NH4

21A-239-

NH4

31A-255-

CL

41A-226-

NH4

51A-228-

NH4

61A-250-

CL

71B-238-

NH4

81B-240-

NH4

91B-256-

CL

101B-225-

NH4

111B-227-

NH4

121B-249-

CL

131C-243-

NH4

141C-245-

NH4

151C-259-

CL

161C-244-

NH4

171C-248-

NH4

181C-260-

CL

191D-242-

NH4

201D-246-

NH4

211D-258-

CL

221D-241-

NH4

231D-247-

NH4

241D-257-

CL

251E-229-

NH4

261E-235-

NH4

271E-251-

CL

281E-230-

NH4

291E-234-

NH4

301E-252-

CL

311F-232-

NH4

321F-231-

NH4

331F-236-

NH4

341F-254-

CL

351F-233-

NH4

361F-253-

CL

371E-381-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*(C42)P*(G38)P*(C42)P*(G38)P*(A43)P*(A43)P*(NYM)P*(NYM)P*(C42)P*(G38)P*(C42)P*DG)-3'


分子量: 3652.559 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
#2: 化合物...
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NH4CL11
3MGCL211
4NA HEPES11
51,6-HEXANEDIOL11
6WATER12
7NH4CL12
8MGCL212
9NA HEPES12
101,6-HEXANEDIOL12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 7.4 / PH range high: 6.9
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.5 mMphosphoramidate dodecamer1drop
240 mMsodium cacodylate1drop
310-500 mM1dropcan be replaced by CaCl2MgCl2
41-30 mMspermine tetrahydrochloride1drop
520-40 %MPD1reservoir
61
71
81
91
101

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→34 Å / Num. obs: 6737 / % possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル最高解像度: 2 Å / 冗長度: 11.4 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 34 Å / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 76542

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A-FORM DUPLEX

解像度: 2→8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2
詳細: THE CRYSTAL IS A PRECISE MEROHEDRAL TWIN AND THE COORDINATES REPRESENT ONE COLUMN CONSISTING OF THREE DODECAMER DUPLEXES (ALL ATOMS WITH OCCUPANCY 0.5, HALF THE WATERS HAVE OCCUPANCY 1.0, THE ...詳細: THE CRYSTAL IS A PRECISE MEROHEDRAL TWIN AND THE COORDINATES REPRESENT ONE COLUMN CONSISTING OF THREE DODECAMER DUPLEXES (ALL ATOMS WITH OCCUPANCY 0.5, HALF THE WATERS HAVE OCCUPANCY 1.0, THE OTHER HALF ZERO). TOTAL NUMBER OF SOLVENT ATOMS REFERS TO R3 ASYMMETRIC UNIT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 -15 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.2 ---
obs0.192 5854 86.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1524 36 200 1760
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 15 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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