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- PDB-352d: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A PARALLEL-STRANDED PARALLEL-STRANDED GU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 352d
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A PARALLEL-STRANDED PARALLEL-STRANDED GUANINE TETRAPLEX AT 0.95 ANGSTROM RESOLUTION
要素DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / U-DNA / QUADRUPLE HELIX / PARALLEL-STRANDED
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Phillips, K. / Dauter, Z. / Murchie, A.I.H. / Lilley, D.M.J. / Luisi, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of a parallel-stranded guanine tetraplex at 0.95 A resolution.
著者: Phillips, K. / Dauter, Z. / Murchie, A.I. / Lilley, D.M. / Luisi, B.
履歴
登録1997年9月4日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
O: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,76739
ポリマ－30,08416
非ポリマー68323
水10,088560
1
A: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,77312
ポリマ－7,5214
非ポリマー2528
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6308
ポリマ－7,5214
非ポリマー1094
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6539
ポリマ－7,5214
非ポリマー1325
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
O: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,71010
ポリマ－7,5214
非ポリマー1896
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.280, 34.780, 56.230
Angle α, β, γ (deg.)74.31, 77.68, 89.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 1880.251 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.75 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: pH 6.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3NA CACODYLATE11
4CACL211
5SPERMINE_HCL11
6NACL11
7WATER12
8MPD12
9NA CACODYLATE12
10CACL212
11SPERMINE_HCL12
12NACL12
結晶化
*PLUS
温度: 4-6 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMsodium cacodylate-HCl1drop
212 mM1dropCaCl2
36 mMspermine tetrahydrochloride1drop
4130-180 mM1dropNaCl
55 %(v/v)MPD1drop
61 mMd(TG4T)1drop
7120 mMsodium cacodylate-HCl1reservoir
870 mM1reservoirCaCl2
90.7-1 M1reservoirNaCl
1026-32 %MPD1reservoir
111
121

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B1
シンクロトロンSRS PX9.52
放射
ID単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Mx-ray1
2Mx-ray2
放射波長
ID相対比
11
21
反射最高解像度: 0.95 Å / Num. obs: 112719 / % possible obs: 88.8 %
反射
*PLUS
% possible obs: 88.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 0.95 Å / 最低解像度: 0.97 Å / % possible obs: 85.9 % / Num. unique obs: 5470 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 5.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL93精密化
DENZOデータ削減
SHELXL-93精密化
精密化開始モデル: NDB ENTRY UDF063 (PDB ENTRY 244D)

244d


最高解像度: 0.95 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.152 112719
all-112719
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 0.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1907 23 560 2490

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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