+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 340d | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURAL PARAMETERS FROM SINGLE-CRYSTAL STRUCTURES FOR ACCURATE MODELS OF A-DNA | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | データ登録者 | Mooers, B.H.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S. | 引用 | ジャーナル: To be Published | タイトル: Structural Parameters from Single-Crystal Structures for Accurate Models of A-DNA 著者: Mooers, B.H.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 340d.cif.gz | 12.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb340d.ent.gz | 7.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 340d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 340d_validation.pdf.gz | 354.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 340d_full_validation.pdf.gz | 354.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 340d_validation.xml.gz | 2.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 340d_validation.cif.gz | 2.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/40/340d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/40/340d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2456.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.91 % / 解説: CRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF CALCIUM CHLORIDE | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月25日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→21.7 Å / Num. obs: 2556 / % possible obs: 65.97 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.034 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→8 Å / σ(F): 3 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: GMGMCA.PAR / Topol file: TOP.DNA |