PDB-342d: STRUCTURAL PARAMETERS FROM SINGLE-CRYSTAL STRUCTURES FOR ACCURATE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 342d

タイトル

STRUCTURAL PARAMETERS FROM SINGLE-CRYSTAL STRUCTURES FOR ACCURATE MODELS OF A-DNA

要素

DNA (5'-D(*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*C)-3')

キーワード

DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Mooers, B.H.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Parameters from Single-Crystal Structures for Accurate Models of A-DNA
著者: Mooers, B.H.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S.

履歴

登録	1997年6月26日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1997年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2024年2月21日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	342d.cif.gz	12.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb342d.ent.gz	7.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	342d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	342d_validation.pdf.gz	359.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	342d_full_validation.pdf.gz	359.5 KB	表示
XML形式データ	342d_validation.xml.gz	2.5 KB	表示
CIF形式データ	342d_validation.cif.gz	2.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/42/342d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/42/342d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	337dC 338dC 339dC 340dC 343dC 345dC 346dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	339d-1 2d94-1 346d-1 337d-1 3iki-1 5ch0-1 3ijk-1 3k18-1 2g3s-4 2g3s-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*C)-3')

2.47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*(5CM)P*GP*C)-3')

登録者が定義した集合体
4.94 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.480, 43.480, 25.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-15- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GP(5CM)PGP(5CM)PGP(5CM)PGPC)-3') 分子量: 2470.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成	名称: WATER

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
検出器	タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年6月25日
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.85→12.1 Å / Num. obs: 2153 / % possible obs: 76.97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.048

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XTALVIEW		精密化
X-PLOR		モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
SAINT		データ削減
SAINT		データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 3 /

	R_factor	反射数
R_work	0.189	-
obs	0.189	1371

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	161	3	18	182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.48
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PAR.DNA / Topol file: TOP.DNA

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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