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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 311d | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE ROLE OF HYDROGEN BONDING IN MINOR-GROOVE DRUG-DNA RECOGNITION. STRUCTURE OF A BIS-AMIDINIUM DERIVATIVE OF HOECHST 33258 COMPLEXED TO THE DODECANUCLEOTIDE D(CGCGAATTCGCG)2 | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | Chem-HT2 / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | データ登録者 | Clark, G.R. / Boykin, D.W. / Czarny, A. / Neidle, S. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1997 | タイトル: Structure of a bis-amidinium derivative of hoechst 33258 complexed to dodecanucleotide d(CGCGAATTCGCG)2: the role of hydrogen bonding in minor groove drug-DNA recognition. 著者: Clark, G.R. / Boykin, D.W. / Czarny, A. / Neidle, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 311d.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb311d.ent.gz | 15.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 311d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/11/311d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/11/311d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-HT2 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年10月1日 |
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放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 2954 / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 | *PLUS Num. all: 3740 / Num. obs: 3315 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |