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- PDB-306d: SIDE-BY-SIDE BINDING OF DISTAMYCIN MOLECULES TO D(ICITACIC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 306d
タイトルSIDE-BY-SIDE BINDING OF DISTAMYCIN MOLECULES TO D(ICITACIC)
要素DNA (5'-D(*IP*CP*IP*TP*AP*CP*IP*C)-3')
キーワードDNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / DOUBLE DRUG IN THE MINOR GROOVE
機能・相同性DISTAMYCIN A / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / DIRECT REFINEMENT / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structures of the side-by-side binding of distamycin to AT-containing DNA octamers d(ICITACIC) and d(ICATATIC).
著者: Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Binding of two Distamycin A Molecules in the Minor Groove of an Alternating B-DNA
著者: Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Rao, S.T. / Sundaralingam, M.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structures of B-Form DNA-RNA Chimers Complexed with Distamycin
著者: Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M.
履歴
登録1997年1月3日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*IP*CP*IP*TP*AP*CP*IP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8883
ポリマ－2,3831
非ポリマー5062
水1,11762
1
A: DNA (5'-D(*IP*CP*IP*TP*AP*CP*IP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*IP*CP*IP*TP*AP*CP*IP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7776
ポリマ－4,7652
非ポリマー1,0124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)28.030, 28.030, 58.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*IP*CP*IP*TP*AP*CP*IP*C)-3')


分子量: 2382.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-DMY / DISTAMYCIN A / DISTAMYCIN / STALLIMYCIN / ジスタマイシンA


分子量: 481.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N9O4 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3NA CACODYLATE11
4MGCL211
5SPERMINE_HCL11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11 mMDNA1dropsingle strand concentration
220 mMsodium cacodylate1drop
31 mMdistamycin hydrochloride1drop
420 mMmagnesium chloride1drop
51 mg/mlspermine hydrochloride1drop
63 %(v/v)MPD1drop
750 %1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年2月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.5→5.1 Å / Num. all: 20233 / Num. obs: 3778 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.048
反射
*PLUS
% possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.048

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGEN2データ収集
XENGEN2データ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XENGENV. 2.0データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT REFINEMENT
開始モデル: GDHB25

解像度: 1.6→5.1 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.153 --
obs0.153 2672 66 %
原子変位パラメータBiso mean: 16.3 Å2
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→5.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 158 36 62 256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d38.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 5.1 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg38.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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