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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 304d | ||||||||||||||||||
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タイトル | SIDE-BY-SIDE BINDING OF DISTAMYCIN MOLECULES TO D(ICATATIC) IN THE MONOCLINIC FORM | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / DOUBLE DRUG IN THE MINOR GROOVE | 機能・相同性 | DISTAMYCIN A / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structures of the side-by-side binding of distamycin to AT-containing DNA octamers d(ICITACIC) and d(ICATATIC). 著者: Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. #1: ![]() タイトル: Binding of two Distamycin A Molecules in the Minor Groove of an Alternating B-DNA 著者: Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Rao, S.T. / Sundaralingam, M. #2: ![]() タイトル: Crystal Structures of B-Form DNA-RNA Chimers Complexed with Distamycin 著者: Chen, X. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 15.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 400.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 402.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2396.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DMY / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.15 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月3日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.6 Å / Num. all: 1770 / Num. obs: 1291 / % possible obs: 73 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.4 % / Rsym value: 0.014 |
反射 | *PLUS % possible obs: 73 % / Rmerge(I) obs: 0.014 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: GDHB25 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 10.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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