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万見
- PDB-2zzu: Human Factor VIIA-Tissue Factor Complexed with ethylsulfonamide-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zzu
タイトルHuman Factor VIIA-Tissue Factor Complexed with ethylsulfonamide-D-5-(3-carboxybenzyloxy)-Trp-Gln-p-aminobenzamidine
要素
  • Factor VII heavy chain
  • Factor VII light chain
  • Tissue factor
キーワードHYDROLASE/BLOOD CLOTTING / SERINE PROTEASE / BLOOD COAGULATION / CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES / DISEASE MUTATION / EGF-LIKE DOMAIN / GAMMA-CARBOXYGLUTAMIC ACID / GLYCOPROTEIN / HYDROLASE / HYDROXYLATION / PROTEASE / ZYMOGEN / LIPOPROTEIN / MEMBRANE / PALMITATE / TRANSMEMBRANE / HYDROLASE-BLOOD CLOTTING COMPLEX / SECRETED
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to carbon dioxide / serine-type peptidase complex / response to genistein ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to carbon dioxide / serine-type peptidase complex / response to genistein / response to vitamin K / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / response to thyroxine / NGF-stimulated transcription / response to cholesterol / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / response to growth hormone / : / positive regulation of blood coagulation / animal organ regeneration / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / positive regulation of endothelial cell proliferation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / serine-type peptidase activity / positive regulation of interleukin-8 production / circadian rhythm / protein processing / phospholipid binding / response to estrogen / Golgi lumen / cytokine-mediated signaling pathway / blood coagulation / positive regulation of angiogenesis / response to estradiol / extracellular matrix / protease binding / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / : / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily ...Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-359 / beta-D-glucopyranose / alpha-L-fucopyranose / Coagulation factor VII / Tissue factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kadono, S. / Sakamoto, A. / Kikuchi, Y. / Oh-Eda, M. / Yabuta, N. / Koga, T. / Hattori, K. / Shiraishi, T. / Haramura, M. / Sato, H. ...Kadono, S. / Sakamoto, A. / Kikuchi, Y. / Oh-Eda, M. / Yabuta, N. / Koga, T. / Hattori, K. / Shiraishi, T. / Haramura, M. / Sato, H. / Ohta, M. / Kozono, T.
引用ジャーナル: Chem.Pharm.Bull. / 年: 2010
タイトル: Design and synthesis of peptidomimetic factor VIIa inhibitors
著者: Shiraishi, T. / Kadono, S. / Haramura, M. / Kodama, H. / Ono, Y. / Iikura, H. / Esaki, T. / Koga, T. / Hattori, K. / Watanabe, Y. / Sakamoto, A. / Yoshihashi, K. / Kitazawa, T. / Esaki, K. / ...著者: Shiraishi, T. / Kadono, S. / Haramura, M. / Kodama, H. / Ono, Y. / Iikura, H. / Esaki, T. / Koga, T. / Hattori, K. / Watanabe, Y. / Sakamoto, A. / Yoshihashi, K. / Kitazawa, T. / Esaki, K. / Ohta, M. / Sato, H. / Kozono, T.
履歴
登録2009年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Factor VII light chain
H: Factor VII heavy chain
T: Tissue factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,69915
ポリマ－70,2883
非ポリマー1,41112
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area27190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.400, 82.220, 123.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 LHT

#1: タンパク質 Factor VII light chain / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA / Proconvertin


分子量: 17487.076 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 61-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / Cell (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#2: タンパク質 Factor VII heavy chain / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA / Proconvertin


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 213-466 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / Cell (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#3: タンパク質 Tissue factor / TF / Coagulation factor III / Thromboplastin


分子量: 24697.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 33-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F3 / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM-109 / 参照: UniProt: P13726

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糖 , 2種, 2分子

#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 372分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-359 / 3-[[3-[(2R)-3-[[(2S)-5-amino-1-[(4-carbamimidoylphenyl)methylamino]-1,5-dioxo-pentan-2-yl]amino]-2-(ethylsulfonylamino)-3-oxo-propyl]-1H-indol-5-yl]oxymethyl]benzoic acid


分子量: 705.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H39N7O8S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 8% PEG5000, 0.1M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, 0.1M cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CONFOCAL BLUE MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 28430 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.55 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique all: 2729 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1DAN

1dan


解像度: 2.5→20 Å / Isotropic thermal model: isotroopic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2734 1738 -RANDOM
Rwork0.2205 ---
all-25809 --
obs-25171 97.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4665 0 80 362 5107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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