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- PDB-2zzs: Crystal structure of cytochrome c554 from Vibrio parahaemolyticus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zzs
タイトルCrystal structure of cytochrome c554 from Vibrio parahaemolyticus strain RIMD2210633
要素Cytochrome c554
キーワードELECTRON TRANSPORT / c-type cytochrome / cytochrome c554
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IC / : / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c554
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Akazaki, H. / Kawai, F. / Kumaki, Y. / Sekine, K. / Hakamata, W. / Nishio, T. / Park, S.-Y. / Oku, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of cytochrome c554 from Vibrio parahaemolyticus strain RIMD2210633
著者: Akazaki, H. / Kawai, F. / Kumaki, Y. / Sekine, K. / Hakamata, W. / Nishio, T. / Park, S.-Y. / Oku, T.
履歴
登録2009年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c554
B: Cytochrome c554
C: Cytochrome c554
D: Cytochrome c554
E: Cytochrome c554
F: Cytochrome c554
G: Cytochrome c554
H: Cytochrome c554
I: Cytochrome c554
J: Cytochrome c554
K: Cytochrome c554
L: Cytochrome c554
M: Cytochrome c554
N: Cytochrome c554
O: Cytochrome c554
P: Cytochrome c554
Q: Cytochrome c554
R: Cytochrome c554
S: Cytochrome c554
T: Cytochrome c554
U: Cytochrome c554
V: Cytochrome c554
W: Cytochrome c554
X: Cytochrome c554
Y: Cytochrome c554
Z: Cytochrome c554
1: Cytochrome c554
2: Cytochrome c554
3: Cytochrome c554
4: Cytochrome c554
5: Cytochrome c554
6: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,29468
ポリマ－335,13432
非ポリマー20,16036
水29,2561624
1
A: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1843
ポリマ－10,4731
非ポリマー7112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1843
ポリマ－10,4731
非ポリマー7112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1843
ポリマ－10,4731
非ポリマー7112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
17
Q: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
18
R: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1843
ポリマ－10,4731
非ポリマー7112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
19
S: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
20
T: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
21
U: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
22
V: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
23
W: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
24
X: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
25
Y: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
26
Z: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
27
1: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
28
2: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
29
3: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
30
4: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
31
5: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
32
6: Cytochrome c554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0912
ポリマ－10,4731
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.949, 87.612, 103.847
Angle α, β, γ (deg.)71.50, 72.98, 83.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 ...
Cytochrome c554


分子量: 10472.924 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: RIMD2210633 / 遺伝子: VP2300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87MF5
#2: 化合物...
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10mM sodium phosphate buffer (pH 7.0), 0.1M phosphate-citrate (pH 4.2), 0.2M NaCl, 20%(w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月5日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 235784 / Num. obs: 223962 / % possible obs: 94.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 14.1 / Num. unique all: 19421 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 77.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GDV

1gdv


解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24213 11820 -RANDOM
Rwork0.19269 ---
obs0.19519 223962 100 %-
all-235784 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.068 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20.48 Å2-0.16 Å2
2---0.79 Å20.04 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18378 0 1400 1624 21402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.43
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.072
LS精密化 シェル解像度: 1.803→1.849 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 637 -
Rwork0.228 --
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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