PDB-2zz8: Crystal structure of LipL32, the most abundant surface protein of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zz8

タイトル

Crystal structure of LipL32, the most abundant surface protein of pathogenic leptospira spp

要素

LipL32 protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Leptospira / outer-membrane protein

機能・相同性

Surface lipoprotein of Spirochaetales order / Surface lipoprotein of Spirochaetales order / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / LipL32

機能・相同性情報

生物種

Leptospira interrogans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Vivian, J.P. / Beddoe, T. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of LipL32, the most abundant surface protein of pathogenic Leptospira spp.
著者: Vivian, J.P. / Beddoe, T. / McAlister, A.D. / Wilce, M.C. / Zaker-Tabrizi, L. / Troy, S. / Byres, E. / Hoke, D.E. / Cullen, P.A. / Lo, M. / Murray, G.L. / Adler, B. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2009年2月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zz8.cif.gz	108.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zz8.ent.gz	84.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/2zz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/2zz8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6azx-1 6wgk-3 6wiy-d 5bk5-2 3mcl-d 1r5w-3 1uz6-3 1kt2-2 1ktd-2 4r7n-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LipL32 protein

B: LipL32 protein

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.895, 125.895, 95.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	LipL32 protein 分子量: 26480.059 Da / 分子数: 2 / 断片: residues in database 21-261 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア) 株: Lai / 遺伝子: lipl32 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O34094
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.98 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 2.0M sodium malonate, 0.1M sodium cacodylate, 4%(v/v) butyrolactone, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU RUH3R	1	1.5418
シンクロトロン	Australian Synchrotron	MX1		2	0.954

検出器

タイプ	ID	検出器	詳細
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	mirrors
ADSC QUANTUM 4	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.954	1

反射

解像度: 2→40 Å / Num. all: 59453 / Num. obs: 59453 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 21.4 % / B_iso Wilson estimate: 38 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 41.9

反射シェル

解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 20.3 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0077	精密化
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.01→37.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 7.207 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2163	2969	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1813	-	-	-
obs	0.1831	55681	99.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.374 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→37.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3548	0	0	435	3983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.986	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.054	5	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.064	24.722	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.913	15	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.48	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.022	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.69	1.5	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.247	2	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.95	3	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.132	4.5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	184	-
R_work	0.329	3866	-
obs	-	-	93.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7458	-0.5658	0.0788	3.1734	-0.1898	3.2009	0.0162	-0.0294	0.1091	-0.0722	-0.033	0.167	-0.1257	-0.0586	0.0169	0.0725	-0.0687	0.0142	0.0665	-0.023	0.066	-9.655	73.325	7.451
2	4.0128	1.764	1.6405	2.3589	0.9055	2.7728	0.2026	-0.1693	-0.1382	0.051	-0.1857	0.0804	0.0609	-0.0884	-0.017	0.2247	-0.1213	0.0524	0.1621	-0.0061	0.1263	-27.211	47.384	9.073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 242
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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