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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zxx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Cdt1/geminin complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE/REPLICATION / COILED-COIL (コイルドコイル) / Cell cycle (細胞周期) / Coiled coil (コイルドコイル) / DNA replication inhibitor / Phosphoprotein / DNA replication (DNA複製) / DNA-binding / Nucleus (Nucleus) / Proto-oncogene (がん遺伝子) / Ubl conjugation / CELL CYCLE-REPLICATION COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Switching of origins to a post-replicative state / : / Activation of the pre-replicative complex / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of DNA-templated DNA replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / regulation of nuclear cell cycle DNA replication ...Switching of origins to a post-replicative state / : / Activation of the pre-replicative complex / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of DNA-templated DNA replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / DNA polymerase binding / positive regulation of DNA replication / animal organ morphogenesis / 動原体 / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / mitotic cell cycle / protein-containing complex assembly / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Cho, Y. / Lee, C. / Hong, B.S. / Choi, J.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2004 タイトル: Structural basis for inhibition of the replication licensing factor Cdt1 by geminin 著者: Lee, C. / Hong, B.S. / Choi, J.M. / Kim, Y. / Watanabe, S. / Ishimi, Y. / Enomoto, T. / Tada, S. / Kim, Y. / Cho, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zxx.cif.gz | 139.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zxx.ent.gz | 116.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zxx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/2zxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/2zxx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9466.405 Da / 分子数: 4 / 断片: Geminin coiled-coil domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: geminin, Gmnn / プラスミド: PET-28A, PACYC-DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O88513 #2: タンパク質 | 分子量: 23080.570 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 172-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdt1 / プラスミド: PET-28A, PACYC-DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8R4E9 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2003年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.787→112.509 Å / Num. all: 29821 / Num. obs: 28179 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 69.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 15.674 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.738 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.505 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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