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万見
- PDB-2zxx: Crystal structure of Cdt1/geminin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zxx
タイトルCrystal structure of Cdt1/geminin complex
要素
  • DNA replication factor Cdt1
  • Geminin
キーワードCELL CYCLE/REPLICATION / COILED-COIL / Cell cycle / Coiled coil / DNA replication inhibitor / Phosphoprotein / DNA replication / DNA-binding / Nucleus / Proto-oncogene / Ubl conjugation / CELL CYCLE-REPLICATION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Switching of origins to a post-replicative state / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of DNA-templated DNA replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of DNA-templated DNA replication / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...Switching of origins to a post-replicative state / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / positive regulation of DNA-templated DNA replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of DNA-templated DNA replication / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / DNA replication checkpoint signaling / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / DNA polymerase binding / regulation of mitotic cell cycle / transcription repressor complex / animal organ morphogenesis / kinetochore / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / mitotic cell cycle / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geminin coiled-coil domain / Geminin/Multicilin / Geminin / CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain ...Geminin coiled-coil domain / Geminin/Multicilin / Geminin / CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Geminin / DNA replication factor Cdt1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cho, Y. / Lee, C. / Hong, B.S. / Choi, J.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural basis for inhibition of the replication licensing factor Cdt1 by geminin
著者: Lee, C. / Hong, B.S. / Choi, J.M. / Kim, Y. / Watanabe, S. / Ishimi, Y. / Enomoto, T. / Tada, S. / Kim, Y. / Cho, Y.
履歴
登録2009年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年2月17日ID: 1WLQ
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geminin
B: Geminin
C: DNA replication factor Cdt1
D: Geminin
E: Geminin
F: DNA replication factor Cdt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0276
ポリマ－84,0276
非ポリマー00
水1629
1
A: Geminin
B: Geminin
C: DNA replication factor Cdt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0133
ポリマ－42,0133
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
2
D: Geminin
E: Geminin
F: DNA replication factor Cdt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0133
ポリマ－42,0133
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.769, 94.334, 115.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Geminin


分子量: 9466.405 Da / 分子数: 4 / 断片: Geminin coiled-coil domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: geminin, Gmnn / プラスミド: PET-28A, PACYC-DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O88513
#2: タンパク質 DNA replication factor Cdt1 / Double parked homolog / DUP / Retroviral insertion site 2 protein


分子量: 23080.570 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 172-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdt1 / プラスミド: PET-28A, PACYC-DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8R4E9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.787→112.509 Å / Num. all: 29821 / Num. obs: 28179
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 69.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 15.674 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.738 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27737 1432 5.1 %RANDOM
Rwork0.23495 ---
obs0.23715 26561 95.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.505 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8 Å20 Å21.06 Å2
2--4.54 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5467 0 0 9 5476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.9687495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3785652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.82624.43298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.916151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4921550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2830.22849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.23824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9441.53400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44825378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06432401
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5224.52117
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.464 72 -
Rwork0.392 1356 -
obs--66.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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