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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zx5 | ||||||
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タイトル | alpha-L-fucosidase complexed with inhibitor, F10 | ||||||
![]() | Alpha-L-fucosidase, putative | ||||||
![]() | HYDROLASE / Tim Barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, H.-J. / Ko, T.-P. / Ho, C.-W. / Lin, C.-H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of alpha-fucosidase inhibition by iminocyclitols with K(i) values in the micro- to picomolar range. 著者: Wu, H.J. / Ho, C.W. / Ko, T.P. / Popat, S.D. / Lin, C.H. / Wang, A.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53100.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MSB8 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 15% PEG 5000 MME, 0.1M HEPES, pH 7.2, 5% Jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→30 Å / Num. all: 30844 / Num. obs: 30844 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 11.19 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3050 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB enrty 2ZWZ 解像度: 2.65→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 65.024 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 131.33 Å2 / Biso mean: 42.638 Å2 / Biso min: 17.21 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.0947
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