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- PDB-2zw3: Structure of the connexin-26 gap junction channel at 3.5 angstrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zw3
タイトルStructure of the connexin-26 gap junction channel at 3.5 angstrom resolution
要素Gap junction beta-2 protein
キーワードCELL ADHESION / ION CHANNEL / alpha helical membrane channel / two double layered lipid spanning / cellular adhesion / Cell junction / Cell membrane / Deafness / Disease mutation / Ectodermal dysplasia / Gap junction / Hearing / Ichthyosis / Membrane / Non-syndromic deafness / Palmoplantar keratoderma / Polymorphism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of connexons to the plasma membrane / response to human chorionic gonadotropin / epididymis development / gap junction-mediated intercellular transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / gap junction assembly / connexin complex / gap junction ...Transport of connexons to the plasma membrane / response to human chorionic gonadotropin / epididymis development / gap junction-mediated intercellular transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / gap junction assembly / connexin complex / gap junction / gap junction channel activity / astrocyte projection / Gap junction assembly / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / inner ear development / decidualization / lateral plasma membrane / response to retinoic acid / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to glucagon stimulus / response to progesterone / response to ischemia / sensory perception of sound / transmembrane transport / cell-cell signaling / response to estradiol / cell body / cellular response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction channel protein cysteine-rich domain / Gap junction beta-2 protein (Cx26) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. ...Gap junction channel protein cysteine-rich domain / Gap junction beta-2 protein (Cx26) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction beta-2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Maeda, S. / Nakagawa, S. / Suga, M. / Yamashita, E. / Oshima, A. / Fujiyoshi, Y. / Tsukihara, T.
引用ジャーナル: Nature / : 2009
タイトル: Structure of the connexin 26 gap junction channel at 3.5 A resolution
著者: Maeda, S. / Nakagawa, S. / Suga, M. / Yamashita, E. / Oshima, A. / Fujiyoshi, Y. / Tsukihara, T.
履歴
登録2008年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gap junction beta-2 protein
B: Gap junction beta-2 protein
C: Gap junction beta-2 protein
D: Gap junction beta-2 protein
E: Gap junction beta-2 protein
F: Gap junction beta-2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,4826
ポリマ-157,4826
非ポリマー00
00
1
A: Gap junction beta-2 protein
B: Gap junction beta-2 protein
C: Gap junction beta-2 protein
D: Gap junction beta-2 protein
E: Gap junction beta-2 protein
F: Gap junction beta-2 protein

A: Gap junction beta-2 protein
B: Gap junction beta-2 protein
C: Gap junction beta-2 protein
D: Gap junction beta-2 protein
E: Gap junction beta-2 protein
F: Gap junction beta-2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,96512
ポリマ-314,96512
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area45230 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area111280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.617, 111.245, 155.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71A
81B
91C
101D
111E
121F
131A
141B
151C
161D
171E
181F
191A
201B
211C
221D
231E
241F
12A
22D
13B
23E
14C
24F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSILEILE1AA15 - 3315 - 33
211LYSLYSILEILE1BB15 - 3315 - 33
311LYSLYSILEILE1CC15 - 3315 - 33
411LYSLYSILEILE1DD15 - 3315 - 33
511LYSLYSILEILE1EE15 - 3315 - 33
611LYSLYSILEILE1FF15 - 3315 - 33
721METMETMETMET2AA3434
821METMETMETMET2BB3434
921METMETMETMET2CC3434
1021METMETMETMET2DD3434
1121METMETMETMET2EE3434
1221METMETMETMET2FF3434
1331ILEILEGLYGLY1AA35 - 10935 - 109
1431ILEILEGLYGLY1BB35 - 10935 - 109
1531ILEILEGLYGLY1CC35 - 10935 - 109
1631ILEILEGLYGLY1DD35 - 10935 - 109
1731ILEILEGLYGLY1EE35 - 10935 - 109
1831ILEILEGLYGLY1FF35 - 10935 - 109
1941LYSLYSTYRTYR1AA125 - 217125 - 217
2041LYSLYSTYRTYR1BB125 - 217125 - 217
2141LYSLYSTYRTYR1CC125 - 217125 - 217
2241LYSLYSTYRTYR1DD125 - 217125 - 217
2341LYSLYSTYRTYR1EE125 - 217125 - 217
2441LYSLYSTYRTYR1FF125 - 217125 - 217
112ASPASPASNASN1AA2 - 142 - 14
212ASPASPASNASN1DD2 - 142 - 14
113ASPASPASNASN1BB2 - 142 - 14
213ASPASPASNASN1EE2 - 142 - 14
114ASPASPASNASN1CC2 - 142 - 14
214ASPASPASNASN1FF2 - 142 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細THE GAP JUNCTION CHANNEL FUNCTIONS AS AN INTERCELLULAR CHANNEL IN DODECAMERIC STATE. ALTHOUGH THIS STRUCTURE HAS SIX SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT, IT FORMS HOMO-DODECAMERWITH THE ANOTHER HEXAMER RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD.

-
要素

#1: タンパク質
Gap junction beta-2 protein / Connexin-26 / Cx26


分子量: 26247.074 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Liver / プラスミド: pBlueBac4.5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P29033
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 11

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16-18% PEG 200, 0.1M Sodium phosphate, 0.1M Sodium chloride, 0.01M DTT , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月17日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→141 Å / Num. all: 33085 / Num. obs: 31138 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 93.594 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3266 / Rsym value: 0.378 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.5→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.863 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.823 / SU B: 39.893 / SU ML: 0.619 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.735 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35123 1565 5 %RANDOM
Rwork0.3368 ---
obs0.33755 29595 94.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 137.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.74 Å20 Å22.23 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----3.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9834 0 0 0 9834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02210186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.92813794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11851194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.02522420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.837151680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.6721560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2890.25815
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.26873
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3640.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7171.56176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.43429774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.16134737
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.0884.54020
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A1540tight positional0.020.05
12B1540tight positional0.020.05
13C1540tight positional0.020.05
14D1540tight positional0.020.05
15E1540tight positional0.020.05
16F1540tight positional0.030.05
21A96tight positional0.030.05
31B96tight positional0.020.05
41C96tight positional0.030.05
11A4medium positional0.510.5
12B4medium positional0.560.5
13C4medium positional0.340.5
14D4medium positional0.410.5
15E4medium positional0.720.5
16F4medium positional0.720.5
11A1540tight thermal0.090.5
12B1540tight thermal0.040.5
13C1540tight thermal0.050.5
14D1540tight thermal0.090.5
15E1540tight thermal0.040.5
16F1540tight thermal0.050.5
21A96tight thermal1.750.5
31B96tight thermal2.30.5
41C96tight thermal1.740.5
11A4medium thermal0.1850
12B4medium thermal0.150
13C4medium thermal0.2850
14D4medium thermal0.5850
15E4medium thermal1.0850
16F4medium thermal0.2950
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.507 131 -
Rwork0.49 2142 -
obs--95.06 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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