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- PDB-2zvw: Crystal structure of Proliferating cell nuclear antigen 2 and Sho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zvw
タイトルCrystal structure of Proliferating cell nuclear antigen 2 and Short peptide from human P21
要素
  • Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
  • Proliferating cell nuclear antigen 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein-peptide complex / DNA replication / DNA-binding / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase activating kinase activity / cellular response to cell-matrix adhesion / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / PCNA-p21 complex / intestinal epithelial cell maturation / negative regulation of phosphorylation / regulation of cell cycle G1/S phase transition ...cyclin-dependent protein kinase activating kinase activity / cellular response to cell-matrix adhesion / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / PCNA-p21 complex / intestinal epithelial cell maturation / negative regulation of phosphorylation / regulation of cell cycle G1/S phase transition / tissue regeneration / Transcriptional regulation by RUNX2 / negative regulation of DNA biosynthetic process / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / response to arsenic-containing substance / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / positive regulation of programmed cell death / oncogene-induced cell senescence / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / AKT phosphorylates targets in the cytosol / stress-induced premature senescence / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / : / response to corticosterone / response to aldosterone / cellular response to UV-B / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / molecular function inhibitor activity / DNA polymerase processivity factor activity / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / protein kinase inhibitor activity / regulation of DNA replication / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / keratinocyte proliferation / response to X-ray / replicative senescence / positive regulation of protein kinase activity / error-prone translesion synthesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to hyperoxia / animal organ regeneration / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cyclin E associated events during G1/S transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / positive regulation of B cell proliferation / keratinocyte differentiation / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / protein sequestering activity / Signaling by FLT3 fusion proteins / intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / cyclin binding / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of DNA replication / negative regulation of protein binding / molecular function activator activity / cellular response to ionizing radiation / wound healing / negative regulation of cell growth / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / cellular response to gamma radiation / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / response to toxic substance / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein import into nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Cyclin D associated events in G1 / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / KEAP1-NFE2L2 pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / heart development / Neddylation / cellular response to heat / fibroblast proliferation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / in utero embryonic development / Ras protein signal transduction / DNA replication / nuclear body / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. ...Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 / Proliferating cell nuclear antigen 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Strzalka, W. / Oyama, T. / Tori, K. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of the Arabidopsis thaliana proliferating cell nuclear antigen 1 and 2 proteins complexed with the human p21 C-terminal segment
著者: Strzalka, W. / Oyama, T. / Tori, K. / Morikawa, K.
履歴
登録2008年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen 2
B: Proliferating cell nuclear antigen 2
C: Proliferating cell nuclear antigen 2
D: Proliferating cell nuclear antigen 2
E: Proliferating cell nuclear antigen 2
F: Proliferating cell nuclear antigen 2
G: Proliferating cell nuclear antigen 2
H: Proliferating cell nuclear antigen 2
I: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
J: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
K: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
L: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
M: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
N: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
O: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,58323
ポリマ－264,91116
非ポリマー6727
水2,936163
1
A: Proliferating cell nuclear antigen 2
B: Proliferating cell nuclear antigen 2
C: Proliferating cell nuclear antigen 2
I: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
J: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
K: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6309
ポリマ－99,3426
非ポリマー2883
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area34170 Å2
手法PISA
2
D: Proliferating cell nuclear antigen 2
E: Proliferating cell nuclear antigen 2
F: Proliferating cell nuclear antigen 2
L: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
M: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
N: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6309
ポリマ－99,3426
非ポリマー2883
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area34110 Å2
手法PISA
3
G: Proliferating cell nuclear antigen 2
O: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1

G: Proliferating cell nuclear antigen 2
O: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1

G: Proliferating cell nuclear antigen 2
O: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3426
ポリマ－99,3426
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area34690 Å2
手法PISA
4
H: Proliferating cell nuclear antigen 2
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
ヘテロ分子

H: Proliferating cell nuclear antigen 2
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
ヘテロ分子

H: Proliferating cell nuclear antigen 2
P: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6309
ポリマ－99,3426
非ポリマー2883
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area34410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.693, 223.693, 200.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Proliferating cell nuclear antigen 2 / PCNA 2


分子量: 30334.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZW35
#2: タンパク質・ペプチド
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1 / p21 / CDK-interacting protein 1 / Melanoma differentiation-associated protein 6 / MDA-6


分子量: 2779.233 Da / 分子数: 8 / Fragment: UNP residues 139-160 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: A synthetic fragment 139-160 of the human p21/WAF1 / 参照: UniProt: P38936
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100mM citric acid, 1.8M ammonium salfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月13日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si 111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 129598 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Rsym value: 0.047
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Num. unique all: 129598 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AXC

1axc


解像度: 2.5→36.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 211911.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 6499 5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 128983 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.2552 Å2 / ksol: 0.353001 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.27 Å27.01 Å20 Å2
2--3.27 Å20 Å2
3----6.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16392 0 35 163 16590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 1090 5.1 %
Rwork0.286 20184 -
obs--98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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