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万見
- PDB-2zvs: Crystal structure of the 2[4FE-4S] ferredoxin from escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zvs
タイトルCrystal structure of the 2[4FE-4S] ferredoxin from escherichia coli
要素Uncharacterized ferredoxin-like protein yfhL
キーワードELECTRON TRANSPORT / FERREDOXIN / [4FE-4S] CLUSTERS / IRON-SULFUR CLUSTERS / ESCHERICHIA COLI / reduction potential / Iron binding protein / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA wobble base modification / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S binding domain / : / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits ...: / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S binding domain / : / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin YfhL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Giastas, P. / Mavridis, M.I.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2009
タイトル: Insight into the protein and solvent contributions to the reduction potentials of [4Fe-4S]2+/+ clusters: crystal structures of the Allochromatium vinosum ferredoxin variants C57A and ...タイトル: Insight into the protein and solvent contributions to the reduction potentials of [4Fe-4S]2+/+ clusters: crystal structures of the Allochromatium vinosum ferredoxin variants C57A and V13G and the homologous Escherichia coli ferredoxin
著者: Saridakis, E. / Giastas, P. / Efthymiou, G. / Thoma, V. / Moulis, J.M. / Kyritsis, P. / Mavridis, I.M.
履歴
登録2008年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized ferredoxin-like protein yfhL
B: Uncharacterized ferredoxin-like protein yfhL
C: Uncharacterized ferredoxin-like protein yfhL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1269
ポリマ－29,0163
非ポリマー2,1106
水3,225179
1
A: Uncharacterized ferredoxin-like protein yfhL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3753
ポリマ－9,6721
非ポリマー7032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized ferredoxin-like protein yfhL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3753
ポリマ－9,6721
非ポリマー7032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Uncharacterized ferredoxin-like protein yfhL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3753
ポリマ－9,6721
非ポリマー7032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.543, 65.543, 132.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-92-

HOH

21B-104-

HOH

詳細the biological unit is unknown.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized ferredoxin-like protein yfhL


分子量: 9672.118 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: yfhL / プラスミド: pGP1-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K38 / 参照: UniProt: P52102
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 % / 解説: The file contains Friedel pair.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.5M CACL2, 0.1M TRIS-HCL, 20% PEG 4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 71543 / Observed criterion σ(F): 4 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BLU

1blu


解像度: 1.65→30 Å / Num. parameters: 8484 / Num. restraintsaints: 8348 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The file contains Friedel pair. Used weighted CONJUGATED GRADIENT MATRIX least squares procedure.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2732 2080 2.9 %THIN SHELLS
Rwork0.2034 ---
all0.2114 71543 --
obs0.2106 71543 100 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2042
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1894 0 48 179 2121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0345
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.105
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.113
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.128
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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