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- PDB-2zsw: Crystal structure of H-2Kb in complex with the Q600Y variant of J... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zsw
タイトルCrystal structure of H-2Kb in complex with the Q600Y variant of JHMV epitope S598
要素
  • 8-mer peptide from spike glycoprotein
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig Fold / protein-protein interactions / subdominant epitope / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / defense response to bacterium / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Theodossis, A. / Dunstone, M.A. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2008
タイトル: Prevention of cytotoxic T cell escape using a heteroclitic subdominant viral T cell determinant.
著者: Butler, N.S. / Theodossis, A. / Webb, A.I. / Nastovska, R. / Ramarathinam, S.H. / Dunstone, M.A. / Rossjohn, J. / Purcell, A.W. / Perlman, S.
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
G: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
F: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin
D: Beta-2-microglobulin
M: 8-mer peptide from spike glycoprotein
N: 8-mer peptide from spike glycoprotein
O: 8-mer peptide from spike glycoprotein
P: 8-mer peptide from spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,02112
ポリマ－179,02112
非ポリマー00
水2,684149
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
M: 8-mer peptide from spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7553
ポリマ－44,7553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
2
E: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
N: 8-mer peptide from spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7553
ポリマ－44,7553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
3
C: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
O: 8-mer peptide from spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7553
ポリマ－44,7553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
4
G: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
P: 8-mer peptide from spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7553
ポリマ－44,7553
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.711, 90.147, 91.969
Angle α, β, γ (deg.)81.11, 70.58, 68.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H
13M
23N
33O
43P

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA1 - 2771 - 277
21GLYGLYPROPROCC1 - 2771 - 277
31GLYGLYPROPROEB1 - 2771 - 277
41GLYGLYPROPROGD1 - 2771 - 277
12GLNGLNMETMETBG2 - 992 - 99
22GLNGLNMETMETDH2 - 992 - 99
32GLNGLNMETMETFF2 - 992 - 99
42GLNGLNMETMETHE2 - 992 - 99
13ARGARGILEILEMI1 - 81 - 8
23ARGARGILEILENJ1 - 81 - 8
33ARGARGILEILEOK1 - 81 - 8
43ARGARGILEILEPL1 - 81 - 8

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2K(B)


分子量: 32068.777 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド
8-mer peptide from spike glycoprotein


分子量: 982.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Mouse Hepatitis Virus JHM strain
参照: UniProt: P11225*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE IS Q3Y MUTANT OF L-ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID SUBSTITUTED IN CHAINS H, F, B, D

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M cacodylate, 13% PEG 8K, 0.2M Ca(OAc)2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→27 Å / Num. obs: 44395 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4426 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G7Q

1g7q


解像度: 2.8→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 33.882 / SU ML: 0.318 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25284 2240 5.1 %RANDOM
Rwork0.21189 ---
obs0.214 42022 95.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.048 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å21.9 Å2-2.48 Å2
2---3.06 Å2-0.95 Å2
3---4.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12156 0 0 149 12305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02112543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.93917115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9151524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21723.682603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.352151905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4651577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.25327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.28384
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2610.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3251.57816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.501212329
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.86935517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4394.54784
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2098tight positional0.050.05
12C2098tight positional0.050.05
13E2098tight positional0.050.05
14G2098tight positional0.060.05
21B783tight positional0.040.05
22D783tight positional0.040.05
23F783tight positional0.050.05
24H783tight positional0.040.05
31M66tight positional0.030.05
32N66tight positional0.040.05
33O66tight positional0.040.05
34P66tight positional0.040.05
11A2098tight thermal0.080.5
12C2098tight thermal0.070.5
13E2098tight thermal0.080.5
14G2098tight thermal0.080.5
21B783tight thermal0.090.5
22D783tight thermal0.080.5
23F783tight thermal0.090.5
24H783tight thermal0.090.5
31M66tight thermal0.070.5
32N66tight thermal0.070.5
33O66tight thermal0.070.5
34P66tight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 158 -
Rwork0.337 2691 -
obs--84.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1169-0.84160.80315.8741-2.14223.946-0.1624-0.0150.54190.1249-0.0401-0.45-0.1573-0.04090.2024-0.17210.0026-0.1087-0.14-0.02810.067-8.1964-19.4954-11.2699
215.05142.0974-1.68812.3205-0.66611.6596-0.0244-0.10090.93420.140.04590.3027-0.24070.0194-0.0215-0.07960.014-0.0856-0.22130.002-0.0081-45.7035-29.4924-17.517
34.66593.37081.79157.15562.79121.9004-0.1992-0.092-0.2499-0.13280.1583-0.0450.13060.12640.0409-0.10460.05070.0428-0.0840.0667-0.182-26.3251-41.588-14.9602
43.72520.8925-1.07375.5918-2.56393.5406-0.15530.1102-0.7559-0.194-0.0005-0.28260.23290.03840.1558-0.12170.04140.0108-0.1487-0.06770.193-11.47593.454127.7958
512.9852-3.25881.27043.6848-0.37610.62890.03060.2009-0.3869-0.1029-0.02640.35840.25960.0689-0.0043-0.0802-0.04380.0313-0.2041-0.0373-0.0705-48.86813.365334.6659
64.6954-2.3207-2.13875.11761.98632.6159-0.07130.01330.40870.1050.099-0.1753-0.12420.2589-0.0277-0.1046-0.0212-0.0955-0.13490.02620.0358-29.513825.431232.3845
72.989-0.91540.11917.31964.21725.26830.17030.11170.0238-0.6181-0.47280.4268-0.4362-0.30260.3025-0.10330.1035-0.1051-0.09520.0088-0.191812.0084-20.809127.8382
812.6854-1.4787-2.03532.29631.1671.78670.01680.30520.5629-0.15890.1022-0.3361-0.12140.1876-0.1191-0.1415-0.0246-0.0471-0.17080.025-0.196849.4625-30.950434.6846
94.9889-2.65212.84345.1713-1.96853.38170.05550.1302-0.4521-0.16870.08430.25010.1432-0.1506-0.1398-0.1513-0.01870.0418-0.1917-0.011-0.260330.077-43.021632.0326
103.6267-0.0396-0.60075.7223.30885.33490.0354-0.0457-0.90770.4117-0.38160.51680.3464-0.43330.3463-0.143-0.15880.0885-0.0489-0.00470.258515.41694.8594-10.2746
1112.45611.30511.6483.46250.98681.97850.0561-0.2856-0.37830.07550.0569-0.58150.21240.1994-0.113-0.14050.05180.0456-0.17840.0408-0.144552.586614.8444-17.555
124.89942.2001-1.73293.5463-2.20213.38020.1208-0.13440.22520.1810.01270.264-0.1924-0.1431-0.1335-0.13990.0353-0.0052-0.21860.0076-0.19933.363626.935-14.7919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 179
2X-RAY DIFFRACTION1M1 - 8
3X-RAY DIFFRACTION2A183 - 277
4X-RAY DIFFRACTION3B2 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4C1 - 179
6X-RAY DIFFRACTION4O1 - 8
7X-RAY DIFFRACTION5C183 - 277
8X-RAY DIFFRACTION6D2 - 99
9X-RAY DIFFRACTION7E1 - 179
10X-RAY DIFFRACTION7N1 - 8
11X-RAY DIFFRACTION8E183 - 277
12X-RAY DIFFRACTION9F2 - 99
13X-RAY DIFFRACTION10G1 - 179
14X-RAY DIFFRACTION10P1 - 8
15X-RAY DIFFRACTION11G183 - 277
16X-RAY DIFFRACTION12H2 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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