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万見
- PDB-2zqb: Crystal structure of a psychrotrophic RNaseHI variant with sextup... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zqb
タイトルCrystal structure of a psychrotrophic RNaseHI variant with sextuple thermostabilizing mutations
要素Ribonuclease HI
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Cytoplasm (細胞質) / Endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / Magnesium (マグネシウム) / Metal-binding / Nuclease (ヌクレアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / リボヌクレアーゼH / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease HI / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / リボヌクレアーゼH / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Angkawidjaja, C. / Kanaya, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Destabilization of psychrotrophic RNase HI in a localized fashion as revealed by mutational and X-ray crystallographic analyses
著者: Rohman, M.S. / Tadokoro, T. / Angkawidjaja, C. / Abe, Y. / Matsumura, H. / Koga, Y. / Takano, K. / Kanaya, S.
履歴
登録2008年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease HI
B: Ribonuclease HI
C: Ribonuclease HI
D: Ribonuclease HI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8497
ポリマ－70,5614
非ポリマー2883
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.239, 68.239, 272.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease HI / RNase HI


分子量: 17640.176 Da / 分子数: 4 / 変異: N29K, D39G, M76V, K90N, R97G, D136H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / プラスミド: pET25b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MIC2067(DE3) / 参照: UniProt: Q8EE30, リボヌクレアーゼH
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG, MME 5000, 0.1M MES, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 23782 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 6.39 / Num. unique all: 2299 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E4L

2e4l


解像度: 2.49→47.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 8.093 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.684 / ESU R Free: 0.295
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 1212 5.1 %RANDOM
Rwork0.19312 ---
obs0.19583 22450 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.584 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→47.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4702 0 15 224 4941
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0214851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.511.9346566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5415594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.25424.115209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.45615843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4431524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.22363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.23137
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3360.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4070.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6011.53105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.53324734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.55132149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3544.51832
LS精密化 シェル解像度: 2.487→2.552 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 88 -
Rwork0.221 1571 -
obs--96.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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