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- PDB-2zpn: The crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Atg8- Atg19(412... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zpn
タイトルThe crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Atg8- Atg19(412-415) complex
要素
  • Autophagy-related protein 8
  • Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ubiquitin fold / Autophagy / Cytoplasmic vesicle / Lipoprotein / Membrane / Transport / Ubl conjugation pathway / Vacuole
機能・相同性
機能・相同性情報


Cvt vesicle membrane / Cvt complex / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / regulation of membrane invagination / lipid droplet formation / vacuole-isolation membrane contact site / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway ...Cvt vesicle membrane / Cvt complex / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / regulation of membrane invagination / lipid droplet formation / vacuole-isolation membrane contact site / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / vesicle organization / nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein-containing complex localization / phosphatidylethanolamine binding / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / reticulophagy / cellular response to nitrogen starvation / autophagy of mitochondrion / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / regulation of macroautophagy / ERAD pathway / autophagosome / lipid droplet / mitochondrial membrane / autophagy / protein tag activity / protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / membrane fusion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg19/Atg34, C-terminal / Autophagy protein Atg19, Atg8-binding / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 19 / Autophagy-related protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Noda, N.N. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2008
タイトル: Structural basis of target recognition by Atg8/LC3 during selective autophagy
著者: Noda, N.N. / Kumeta, H. / Nakatogawa, H. / Satoo, K. / Adachi, W. / Ishii, J. / Fujioka, Y. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F.
履歴
登録2008年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 8
B: Autophagy-related protein 8
C: Autophagy-related protein 8
D: Autophagy-related protein 8
E: Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)
F: Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)
G: Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)
H: Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,81413
ポリマ－57,3348
非ポリマー4805
水39622
1
A: Autophagy-related protein 8
E: Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5264
ポリマ－14,3342
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-19.1 kcal/mol
Surface area6930 Å2
手法PISA
2
B: Autophagy-related protein 8
F: Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4303
ポリマ－14,3342
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-29.3 kcal/mol
Surface area6520 Å2
手法PISA
3
C: Autophagy-related protein 8
G: Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4303
ポリマ－14,3342
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-19.4 kcal/mol
Surface area6600 Å2
手法PISA
4
D: Autophagy-related protein 8
H: Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4303
ポリマ－14,3342
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area6580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.150, 104.450, 113.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Autophagy-related protein 8 / Autophagy-related ubiquitin-like modifier ATG8 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 5


分子量: 13757.894 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATG8, APG8, AUT7, CVT5, YBL078C, YBL0732 / プラスミド: pHT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38182
#2: タンパク質・ペプチド
Saccharomyces cerevisiae Atg19(412-415)


分子量: 575.610 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence corresponds to residues 412-415 of Saccharomyces cerevisiae Atg19.
参照: UniProt: P35193*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→41.1 Å / Num. all: 14927 / Num. obs: 14927 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5.12 / Num. unique all: 1494 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GNU

1gnu


解像度: 2.7→41.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 84615.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 1476 10.2 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 14505 96.8 %-
all-14505 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.0308 Å2 / ksol: 0.371913 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3---5.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3564 0 25 22 3611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 239 10.6 %
Rwork0.292 2007 -
obs-2246 92.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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