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- PDB-2zph: Complex of Fe-type nitrile hydratase with tert-butylisonitrile, p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zph
タイトルComplex of Fe-type nitrile hydratase with tert-butylisonitrile, photo-activated for 340min at 293K
要素(Nitrile hydratase subunit ...) x 2
キーワードLYASE (リアーゼ) / Iron (鉄) / Metal-binding / Oxidation (酸化還元反応)
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrile hydratase / indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / : / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal ...Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tert-ブチルイソシアニド / Nitrile hydratase subunit alpha / Nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Hashimoto, K. / Suzuki, H. / Taniguchi, K. / Noguchi, T. / Yohda, M. / Odaka, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Catalytic mechanism of nitrile hydratase proposed by time-resolved X-ray crystallography using a novel substrate, tert-butylisonitrile
著者: Hashimoto, K. / Suzuki, H. / Taniguchi, K. / Noguchi, T. / Yohda, M. / Odaka, M.
履歴
登録2008年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrile hydratase subunit alpha
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7828
ポリマ－46,4482
非ポリマー3346
水9,710539
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.878, 60.157, 81.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Nitrile hydratase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitrile hydratase subunit alpha / / Nitrilase / NHase


分子量: 22933.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株: N771 / 参照: UniProt: P13448, nitrile hydratase
#2: タンパク質 Nitrile hydratase subunit beta / / Nitrilase / NHase


分子量: 23514.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株: N771 / 参照: UniProt: P13449, nitrile hydratase

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非ポリマー , 5種, 545分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-TB0 / tert-butyl isocyanide / tert-ブチルイソシアニド / Tert-ブチルイソシアニド


分子量: 83.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9N
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, 300mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→66.519 Å / Num. obs: 59023 / % possible obs: 97.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZPB

2zpb


解像度: 1.59→7.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.22 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; The authors think the intermediate structure between substrate and product; The tert-butyl isocyanide (TB0) substrate binds the metal ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; The authors think the intermediate structure between substrate and product; The tert-butyl isocyanide (TB0) substrate binds the metal directly and then a water molecule, which, activated by O delta atom of CSO, makes a nucleophilic attack on the isonitrile carbon to produce tBuNH2 and CO. These atoms may be disordered because the occupancies of oxygen atom of CMO and O delta atom of CSO were converged to 0.30 and 0.70 respectively. When a water molecule, which, activated by O delta atom of CSO, comes close to the substrate, kicks the O delta atom out of the active center.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18487 2973 5.1 %RANDOM
Rwork0.15674 ---
obs0.15817 55536 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3183 0 18 539 3740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.9674475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.9965.05404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52723.072153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.3115510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0511528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.31687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.52273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.5713
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0760.55
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.342
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3430.553
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.52060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05823273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69931393
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8144.51202
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.63 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 193 -
Rwork0.217 3405 -
obs--83.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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