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万見
- PDB-2zo0: mouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zo0
タイトルmouse NP95 SRA domain DNA specific complex 1
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DTP*DCP*DAP*DGP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DGP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DGP*DAP*DC)-3')
  • E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
キーワードLIGASE/DNA / base flipping / Cell cycle / Developmental protein / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / Ligase / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger / LIGASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / positive regulation of protein metabolic process / mitotic spindle assembly / heterochromatin / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein autoubiquitination ...histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / positive regulation of protein metabolic process / mitotic spindle assembly / heterochromatin / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein autoubiquitination / : / replication fork / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / nuclear matrix / ubiquitin protein ligase activity / heterochromatin formation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone binding / DNA repair / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. ...SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / PHD-finger / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Horton, J.R. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: The SRA domain of UHRF1 flips 5-methylcytosine out of the DNA helix
著者: Hashimoto, H. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Bostick, M. / Jacobsen, S.E. / Cheng, X.
履歴
登録2008年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
D: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DGP*DAP*DC)-3')
E: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DCP*DAP*DGP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DGP*DG)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8743
ポリマ－31,8743
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9161
ポリマ－23,9161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DGP*DAP*DC)-3')
E: DNA (5'-D(*DGP*DTP*DCP*DAP*DGP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DGP*DG)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9582
ポリマ－7,9582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.982, 69.008, 92.956
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and ...Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1 / Nuclear zinc finger protein Np95 / Nuclear protein 95


分子量: 23915.711 Da / 分子数: 1 / 断片: SRA domain, residues 419-628 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Np95 / プラスミド: pXC666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold Cells
参照: UniProt: Q8VDF2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DGP*DAP*DC)-3')


分子量: 3927.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 12 base pair DNA duplex
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DTP*DCP*DAP*DGP*(5CM)P*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DGP*DG)-3')


分子量: 4030.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 12 base pair DNA duplex
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2NaCL11
3H2O11
4PEG 335012
5NaCL12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→29.4 Å / Num. obs: 19727 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 1343 / % possible all: 63.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BI7

3bi7


解像度: 2.19→29.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 708338.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: The density for the nucleotide at position 9 in chain E indicated an extrahelical conformation (E429) as well as an intrahelical conformation (E430). The depositors made a model as if an ...詳細: The density for the nucleotide at position 9 in chain E indicated an extrahelical conformation (E429) as well as an intrahelical conformation (E430). The depositors made a model as if an additional nucleotide A10 was inserted.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 897 4.8 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 18627 88.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.074 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--36.42 Å20 Å20 Å2
2--30.56 Å20 Å2
3---5.86 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.33 Å
Luzzati d res low-35 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 519 0 42 2202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.052.5
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 61 5.2 %
Rwork0.367 1114 -
obs-1114 57.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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