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- PDB-2znx: 5-Fluorotryptophan Incorporated ScFv10 Complexed to Hen Egg Lysozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2znx
タイトル5-Fluorotryptophan Incorporated ScFv10 Complexed to Hen Egg Lysozyme
要素
  • Lysozyme C
  • ScFv
キーワードIMMUNE SYSTEM/HYDROLASE / fluorotryptohpan / 5-fluorotryptophan / 19F / Single Chain Fv / Lysozyme / Allergen / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / Hydrolase / IMMUNE SYSTEM-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / RNA-directed DNA polymerase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium ...immunoglobulin complex / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / RNA-directed DNA polymerase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Lysozyme / Immunoglobulin V-set domain / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / Lysozyme C / Anti-HIV-1 reverse transcriptase single-chain variable
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者DeSantis, M.E. / Acchione, M. / Li, M. / Walter, R.L. / Wlodawer, A. / Smith-Gill, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Specific fluorine labeling of the HyHEL10 antibody affects antigen binding and dynamics
著者: Acchione, M. / Lee, Y.C. / DeSantis, M.E. / Lipschultz, C.A. / Wlodawer, A. / Li, M. / Shanmuganathan, A. / Walter, R.L. / Smith-Gill, S. / Barchi, J.J.
履歴
登録2008年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月2日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ScFv
Y: Lysozyme C
B: ScFv
Z: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7086
ポリマ－81,2034
非ポリマー5052
水5,603311
1
A: ScFv
Y: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8543
ポリマ－40,6022
非ポリマー2521
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ScFv
Z: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8543
ポリマ－40,6022
非ポリマー2521
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.240, 149.240, 81.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Y
21Z
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEUYB1 - 1291 - 129
21LYSLYSLEULEUZD1 - 1291 - 129
12ASPASPTHRTHRAA1 - 1071 - 107
22ASPASPTHRTHRBC1 - 1071 - 107
13ASPASPALAALAAA123 - 236123 - 236
23ASPASPALAALABC123 - 236123 - 236

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 ScFv


分子量: 26270.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This molecule contains antibody light chain(residues 1-107), linker(residues 108-122) and antibody heavy chain(residues 123-236)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) synthetic construct (人工物)
プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CT19 BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q65ZI1*PLUS
#2: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg white / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#3: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG400, 0.2M Na Citrate; 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 47378 / Num. obs: 47378 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4648 / Rsym value: 0.786 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0057精密化
MAR345データ収集
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2DQJ

2dqj


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 5.36 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23173 2051 5 %RANDOM
Rwork0.19274 ---
obs0.19476 39131 83 %-
all-47378 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.604 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5448 0 34 311 5793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0215618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.9797636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8375694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.28724240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.39515868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1841536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.53460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43625564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89432158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0544.52072
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1Y1001MEDIUM POSITIONAL0.310.5
1Y1001MEDIUM THERMAL0.592
2A817MEDIUM POSITIONAL0.410.5
2A817MEDIUM THERMAL0.562
3A907MEDIUM POSITIONAL0.530.5
3A907MEDIUM THERMAL0.712
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 160 -
Rwork0.213 2826 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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