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万見
- PDB-2znl: Crystal structure of PA-PB1 complex form influenza virus RNA poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2znl
タイトルCrystal structure of PA-PB1 complex form influenza virus RNA polymerase
要素
  • Polymerase acidic protein
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードTRANSCRIPTION / Influenza A virus / RNA polymerase / PA / PB1 / subunit interaction / Phosphoprotein / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / RNA replication / RNA-directed RNA polymerase / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis ...cRNA Synthesis / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / vRNP Assembly / Viral Messenger RNA Synthesis / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / Viral mRNA Translation / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Obayashi, E. / Yoshida, H. / Kawai, F. / Shibayama, N. / Kawaguchi, A. / Nagata, K. / Tame, J.R.H. / Park, S.-Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: The structural basis for an essential subunit interaction in influenza virus RNA polymerase
著者: Obayashi, E. / Yoshida, H. / Kawai, F. / Shibayama, N. / Kawaguchi, A. / Nagata, K. / Tame, J.R.H. / Park, S.-Y.
履歴
登録2008年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5302
ポリマ－63,5302
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.957, 101.957, 115.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 54713.598 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 239-716 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RILP CodonPlus / 参照: UniProt: P03433
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 8816.549 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-81 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / 遺伝子: PB1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RILP CodonPlus / 参照: UniProt: P03431, RNA-directed RNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Tris-HCl, 2.4M sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 30749 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.371 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.118 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2622 1545 5 %RANDOM
Rwork0.20681 ---
obs0.20957 30669 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.34 Å21.67 Å20 Å2
2--3.34 Å20 Å2
3----5.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3499 0 0 70 3569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0223575
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7211.9744825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8955431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.9524.359156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.86215668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6381521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.21670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.340.22476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0520.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6131.52257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59623531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.88931538
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7274.51294
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.3 Å / Num. reflection Rwork: 1854 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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