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万見
- PDB-2zni: Crystal structure of Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zni
タイトルCrystal structure of Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) complex from Desulfitobacterium hafniense
要素
  • Pyrrolysyl-tRNA synthetase
  • bacterial tRNA
キーワードLIGASE/RNA / LIGASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on a protein / aminoacyl-tRNA ligase activity / tRNA aminoacylation / transferase activity / tRNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins ...Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Pyrrolysyl-tRNA synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nozawa, K. / Araiso, Y. / Soll, D. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) structure reveals the molecular basis of orthogonality
著者: Nozawa, K. / O'Donoghue, P. / Gundllapalli, S. / Araiso, Y. / Ishitani, R. / Umehara, T. / Soll, D. / Nureki, O.
履歴
登録2008年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrrolysyl-tRNA synthetase
B: Pyrrolysyl-tRNA synthetase
C: bacterial tRNA
D: bacterial tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,94417
ポリマ－117,4234
非ポリマー52113
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13280 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area42710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.627, 103.627, 214.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Pyrrolysyl-tRNA synthetase / bacterial protein


分子量: 35481.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
遺伝子: pylS / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus / 参照: UniProt: B0S4P3, pyrrolysine-tRNAPyl ligase
#2: RNA鎖 bacterial tRNA


分子量: 23229.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Transcribed in vitro with T7 RNA polymerase
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 90mM MES (pH6.0), 5.4% 2-propanol, 180mM calcium acetate, 2% ethanol, 10mM Tris-Cl (pH8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
22-propanol11
3calcium acetate11
4ethanol11
5Tris-Cl11
6MES12
7calcium acetate12
8Tris-Cl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 21576 / Num. obs: 21576 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 79.37 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 18.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PylS

解像度: 3.1→46.636 Å / FOM work R set: 0.754 / Isotropic thermal model: RESTRAINED and TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: 8 TLS groups are used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1053 4.88 %RANDOM
Rwork0.224 20523 --
obs0.228 21576 98.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.201 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 46.34 Å2 / Biso mean: 121.36 Å2 / Biso min: 355.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.953 Å20 Å2-0 Å2
2--16.953 Å20 Å2
3----33.907 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4526 3082 13 0 7621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078068
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32511608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7153166
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.2410.3751140.3372409252394
3.241-3.4120.3811500.2952480263098
3.412-3.6260.3451260.2692532265899
3.626-3.9060.2921310.2372541267299
3.906-4.2990.3061120.1972585269799
4.299-4.920.2381380.1692589272799
4.92-6.1960.2821110.1832647275899
6.196-46.6410.281710.2172740291199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.549-0.0334-0.43291.092-0.00411.12490.16-1.0052-0.37981.41490.19950.19651.45-0.13660.01470.8413-0.0765-0.14440.9260.03150.7487-20.961811.695731.4216
21.6674-0.36820.32462.72250.67473.99730.22920.0472-0.273-0.0806-0.19030.47720.8774-1.12940.00020.4258-0.2427-0.06950.65580.02230.6699-24.18159.7695-1.5559
31.08310.3891-0.45050.8968-0.73140.373-0.26040.79410.391-0.64630.2442-0.3363-0.36880.7938-0.00990.7890.13970.12460.8471-0.16380.8233-6.189525.3028-28.6128
42.73690.4012-0.06631.5194-0.34953.69260.317-0.11810.5557-0.2107-0.2886-0.1286-1.31480.2495-0.00410.3920.03640.0520.3449-0.12150.7451-7.600531.23434.2007
54.874-2.34121.22861.7371-2.45940.13070.21010.6212-0.1096-0.4327-0.55390.2359-0.1802-0.38220.00141.32260.15860.07581.2460.08870.7781-25.136831.6305-30.8227
6-0.22750.43390.10891.2923-0.15681.04330.66433.8551-3.1223-0.046-0.8263-0.7292.31440.72580.00261.87140.4946-0.09052.2249-0.59731.8108-8.32685.0434-43.4944
71.6799-3.1001-2.86281.1288-1.12962.34390.0611-0.11060.11220.0998-0.08950.278-0.9822-0.87990.0010.9051-0.06930.00331.4647-0.16360.7748-32.016428.81531.7693
82.05832.6098-0.9390.5533-0.9711.3369-0.5969-2.1127-0.95732.38840.0174-1.60561.59622.8563-0.00391.6060.4096-0.21412.33520.14271.3265-3.528419.742946.7336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 10:69
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 70:288
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 10:69
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 70:288
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and (resid 1:24 or resid 46:76)
6X-RAY DIFFRACTION6chain C and resid 25:45
7X-RAY DIFFRACTION7chain D and (resid 1:24 or resid 46:76)
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and resid 25:45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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