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- PDB-2zni: Crystal structure of Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) complex... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2zni | ||||||
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Title | Crystal structure of Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) complex from Desulfitobacterium hafniense | ||||||
![]() |
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![]() | LIGASE/RNA / LIGASE-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA ligase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nozawa, K. / Araiso, Y. / Soll, D. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
![]() | ![]() Title: Pyrrolysyl-tRNA synthetase-tRNA(Pyl) structure reveals the molecular basis of orthogonality Authors: Nozawa, K. / O'Donoghue, P. / Gundllapalli, S. / Araiso, Y. / Ishitani, R. / Umehara, T. / Soll, D. / Nureki, O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 405.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 329.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 35481.652 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: pylS / Plasmid: pET-15b / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: RNA chain | Mass: 23229.859 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Transcribed in vitro with T7 RNA polymerase #3: Chemical | ChemComp-CA / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 90mM MES (pH6.0), 5.4% 2-propanol, 180mM calcium acetate, 2% ethanol, 10mM Tris-Cl (pH8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 2, 2007 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Rotated-inclined double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. all: 21576 / Num. obs: 21576 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 79.37 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 18.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PylS Resolution: 3.1→46.636 Å / FOM work R set: 0.754 / Isotropic thermal model: RESTRAINED and TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / Stereochemistry target values: ML / Details: 8 TLS groups are used
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.201 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 46.34 Å2 / Biso mean: 121.36 Å2 / Biso min: 355.35 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→46.636 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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