PDB-2zmv: Crystal structure of Synbindin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zmv

タイトル

Crystal structure of Synbindin

要素

Trafficking protein particle complex subunit 4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / longin domain / Synbindin / Endoplasmic reticulum / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle coating / vesicle tethering / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / Golgi stack / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / Syndecan interactions ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Fan, F.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of human synbindin reveals two conformations of longin domain
著者: Fan, S. / Wei, Z. / Xu, H. / Gong, W.

履歴

登録	2008年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zmv.cif.gz	92.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zmv.ent.gz	72 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2zmv_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zmv_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	2zmv_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	2zmv_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/2zmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/2zmv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3wfs-d 1381 22621 6dzm-d 5cku-1 9780 6ny3-d 0942 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trafficking protein particle complex subunit 4

B: Trafficking protein particle complex subunit 4

50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trafficking protein particle complex subunit 4

B: Trafficking protein particle complex subunit 4

A: Trafficking protein particle complex subunit 4

B: Trafficking protein particle complex subunit 4

A: Trafficking protein particle complex subunit 4

B: Trafficking protein particle complex subunit 4

ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.391, 124.391, 124.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質	Trafficking protein particle complex subunit 4 / Synbindin / TRS23 homolog / Hematopoietic stem/progenitor cell protein 172 分子量: 25437.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAPPC4, SBDN, CGI-104, HSPC172, PTD009 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9Y296

#1: タンパク質

Trafficking protein particle complex subunit 4 / Synbindin / TRS23 homolog / Hematopoietic stem/progenitor cell protein 172

分子量: 25437.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAPPC4, SBDN, CGI-104, HSPC172, PTD009 / プラスミド: pET22b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9Y296

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2% MPD, 3% EG, 1% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	BSRF	3W1A		1	0.9787, 0.9500, 0.9793
回転陽極			RIGAKU FR-E+ DW	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAR CCD 165 mm	1	CCD	2005年2月19日
RIGAKU RAXIS IV++	2	IMAGE PLATE	2006年4月11日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	GRAPHITE	MAD	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9787	1
2	0.95	1
3	0.9793	1
4	1.5418	1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16132 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 91.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.044

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→30.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 31.559 / SU ML: 0.286 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.662 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28962	792	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2427	-	-	-
obs	0.24512	14891	97.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.717 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3205	0	0	0	3205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2967
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.067	1.98	4030
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.953	5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.483	23.889	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.913	15	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.977	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.604	2	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.322	3	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.255	3	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.105	4	933
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	55	-
R_work	0.338	1127	-
obs	-	-	99.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.34	0.6641	-1.4249	1.8137	0.0609	2.4036	0.1433	-0.2909	-0.063	-0.1	-0.0425	-0.2176	0.0405	0.0809	-0.1008	0.0767	-0.0547	-0.0077	-0.0147	0.0319	-0.0262	50.292	38.3473	18.6709
2	1.7307	2.0959	-5.0456	3.3296	-4.7318	17.1101	-0.3848	0.1801	-0.5744	-0.7032	0.3667	-1.0555	0.8734	-1.2024	0.0182	0.2204	0.1426	0.3251	-0.007	-0.2628	0.2391	70.2336	40.5235	-2.8951
3	17.3681	5.6406	1.7468	14.8863	8.0012	7.7574	-0.6772	-0.9906	-1.4724	1.9042	0.394	-1.7859	0.9554	1.5739	0.2832	0.4601	0.4452	0.1627	0.0789	0.0176	0.4394	79.0071	38.9938	2.0479
4	0.8488	0.4669	-0.7215	4.8312	-0.4279	1.6666	0.0546	-0.0588	0.09	-0.5392	0.0631	0.1375	0.1828	-0.1837	-0.1177	-0.0004	-0.0339	0.0109	-0.0075	0.0227	-0.0657	46.2965	39.0444	12.3206
5	0.7104	1.4552	-0.5351	6.0482	-0.0261	13.0547	0.4495	-0.1779	-0.1848	0.2768	-0.3235	-0.5295	0.2673	-0.5554	-0.126	-0.0022	-0.0383	0.0275	-0.0484	0.1186	-0.0397	49.5339	28.9115	22.59
6	11.806	3.2074	-0.0535	12.7155	-4.7071	1.8594	0.2714	-1.6282	-0.0558	0.753	-1.1599	-0.8433	-0.3651	-0.0956	0.8886	0.0996	-0.1536	-0.0433	0.0897	0.0733	-0.0463	66.1231	58.7221	27.7156
7	4.3375	2.9627	-0.7435	22.1354	0.1104	7.5504	0.3403	-0.4785	-1.0299	0.4115	-0.3168	-1.4744	0.542	0.5575	-0.0235	0.1485	0.0375	-0.1707	-0.1324	-0.0286	0.0714	77.7189	72.5803	45.3521
8	14.0203	-1.3495	-4.1693	35.6497	-2.5024	19.206	-0.5827	-1.1429	-0.745	5.5479	1.0845	1.1038	2.3804	0.0196	-0.5018	0.8688	-0.1307	-0.0524	-0.3619	0.2643	-0.209	72.5442	69.4211	54.1657
9	5.198	4.599	0.5965	4.3875	0.0325	0.8386	-0.2135	0.1383	-0.2942	0.0682	-0.0233	-0.359	-0.1471	-0.073	0.2368	-0.0591	-0.037	-0.0246	-0.0928	0.0259	0.1248	68.5732	59.0808	19.957
10	22.1052	5.9119	1.8848	2.2909	-0.6554	2.0547	0.6074	-1.9224	-1.7337	0.6814	-0.4798	-0.4908	-0.1508	-0.3478	-0.1277	0.0427	-0.1719	-0.0753	-0.0466	0.1605	-0.0151	61.7843	49.5002	25.8816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	62 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	101 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	184 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	25 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	68 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	100 - 186
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	187 - 211

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