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万見
- PDB-2zhc: ParM filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zhc
タイトルParM filament
要素Plasmid segregation protein parM
キーワードCELL CYCLE/PROTEIN FIBRIL / ParM / Plasmid / Plasmid partition / CELL CYCLE-PROTEIN FIBRIL COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid partitioning / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Plasmid segregation protein ParM/StbA / : / : / Plasmid segregation protein ParM, N-terminal / Plasmid segregation protein ParM, C-terminal / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Plasmid segregation protein ParM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23 Å
データ登録者Popp, D. / Narita, A. / Oda, T. / Fujisawa, T. / Matsuo, H. / Nitanai, Y. / Iwasa, M. / Maeda, K. / Onishi, H. / Maeda, Y.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2008
タイトル: Molecular structure of the ParM polymer and the mechanism leading to its nucleotide-driven dynamic instability.
著者: David Popp / Akihiro Narita / Toshiro Oda / Tetsuro Fujisawa / Hiroshi Matsuo / Yasushi Nitanai / Mitsusada Iwasa / Kayo Maeda / Hirofumi Onishi / Yuichiro Maéda /
要旨: ParM is a prokaryotic actin homologue, which ensures even plasmid segregation before bacterial cell division. In vivo, ParM forms a labile filament bundle that is reminiscent of the more complex ...ParM is a prokaryotic actin homologue, which ensures even plasmid segregation before bacterial cell division. In vivo, ParM forms a labile filament bundle that is reminiscent of the more complex spindle formed by microtubules partitioning chromosomes in eukaryotic cells. However, little is known about the underlying structural mechanism of DNA segregation by ParM filaments and the accompanying dynamic instability. Our biochemical, TIRF microscopy and high-pressure SAX observations indicate that polymerization and disintegration of ParM filaments is driven by GTP rather than ATP and that ParM acts as a GTP-driven molecular switch similar to a G protein. Image analysis of electron micrographs reveals that the ParM filament is a left-handed helix, opposed to the right-handed actin polymer. Nevertheless, the intersubunit contacts are similar to those of actin. Our atomic model of the ParM-GMPPNP filament, which also fits well to X-ray fibre diffraction patterns from oriented gels, can explain why after nucleotide release, large conformational changes of the protomer lead to a breakage of intra- and interstrand interactions, and thus to the observed disintegration of the ParM filament after DNA segregation.
履歴
登録2008年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / em_single_particle_entity / em_software
Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_vitrification / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _refine.ls_d_res_high / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmid segregation protein parM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2563
ポリマ－35,8041
非ポリマー4522
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Plasmid segregation protein parM / Protein stbA / ParA locus 36 kDa protein


分子量: 35804.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: parM, stbA / プラスミド: PMD137 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P11904
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: ParM filament / タイプ: COMPLEX / 詳細: stained with 1.0 % uranyl acetate
緩衝液名称: 10mM Hepes, 25mM KCl, 1mM MgCl2, 1mM DTT, 5mM GMPPNP
pH: 7.5
詳細: 10mM Hepes, 25mM KCl, 1mM MgCl2, 1mM DTT, 5mM GMPPNP
試料濃度: 0.13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate
試料支持詳細: Carbon

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 2010HC / 日付: 2007年1月1日
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 40000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 10300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3700 nm
試料ホルダ温度: 300 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 12 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 2085
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: EOS / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: Phase and Amplitude
3次元再構成手法: Single particle analysis / 解像度: 23 Å / 粒子像の数: 2085 / ピクセルサイズ（公称値）: 4.011 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 4.011 Å
詳細: This data was achieved by negative staining experiments
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築PDB-ID: 1MWM

1mwm


Accession code: 1MWM / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 23 Å
詳細: This data was achieved by negative staining experiments
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 23.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5027 0 40 0 5067

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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