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- PDB-2zg6: Crystal structure of Hypothetical protein; probable 2-haloalkanoi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zg6
タイトルCrystal structure of Hypothetical protein; probable 2-haloalkanoic acid dehalogenase from Sulfolobus tokodaii
要素Putative uncharacterized protein ST2620
キーワードHYDROLASE / ST2620 / probable 2-haloalkanoic acid dehalogenase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #660 / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold ...DNA polymerase; domain 1 - #660 / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Hypothetical protein; probable 2-haloalkanoic acid dehalogenase from Sulfolobus tokodaii
著者: Padmanabhan, B. / Bessho, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2008年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein ST2620
B: Putative uncharacterized protein ST2620


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3622
ポリマ－51,3622
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.790, 104.790, 70.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein ST2620 / Hypothetical protein / probable 2-haloalkanoic acid dehalogenase


分子量: 25680.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta834(DE3) / 参照: UniProt: Q96X90
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: oil batch / pH: 4.2
詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate Citrate, pH4.2 (Wizard II), Oil Batch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97897, 0.97946, 0.9000
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978971
20.979461
30.91
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 35912 / Num. obs: 35829 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Num. unique all: 3517 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.729 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24319 1584 5 %RANDOM
Rwork0.21185 ---
obs0.21344 29800 93.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å2-0.44 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3270 0 0 74 3344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.891.994496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0925399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96923.774159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.11515595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7571520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.21573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.22283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2841.52065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10923205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0431458
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6774.51291
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 102 -
Rwork0.225 1759 -
obs--76.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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