PDB-2zec: Potent, Nonpeptide Inhibitors of Human Mast Cell Tryptase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zec

タイトル

Potent, Nonpeptide Inhibitors of Human Mast Cell Tryptase

要素

Tryptase beta 2

キーワード

HYDROLASE / tryptase / serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptase / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / defense response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.059 Å

データ登録者

Spurlino, J.C. / Lewandowski, F. / Milligan, C.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Potent, nonpeptide inhibitors of human mast cell tryptase. Synthesis and biological evaluation of novel spirocyclic piperidine amide derivatives
著者: Costanzo, M.J. / Yabut, S.C. / Zhang, H.-C. / White, K.B. / de Garavilla, L. / Wang, Y. / Minor, L.K. / Tounge, B.A. / Barnakov, A.N. / Lewandowski, F. / Milligan, C. / Spurlino, J.C. / ...

履歴

登録	2007年12月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2zec_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/2zec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/2zec	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2za5C 2zebC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zeb-d 2bm2-d 2gdd-d 2fpz-d 2fww-d 4mqa-1 4a6l-d 5wi6-d 2f9o-d 2za5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptase beta 2

B: Tryptase beta 2

C: Tryptase beta 2

D: Tryptase beta 2

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.260, 82.260, 170.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Tryptase beta 2 分子量: 27265.131 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 31-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPSB2 参照: UniProt: Q6B052, UniProt: Q15661*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-11N / 1-[1'-(3-phenylacryloyl)spiro[1-benzofuran-3,4'-piperidin]-5-yl]methanamine 分子量: 348.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.53 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→41.13 Å / Num. obs: 63811

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

解像度: 2.059→41.13 Å / FOM work R set: 0.792 / 立体化学のターゲット値: ml

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	3192	5 %
R_work	0.207	-	-
obs	-	63811	91.31 %

溶媒の処理

B_sol: 47.548 Å² / k_sol: 0.349 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.66 Å² / B_iso mean: 28 Å² / B_iso min: 9.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.145 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.145 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.291 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.059→41.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7648	0	104	561	8313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.632	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.616	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.082	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.059-2.065	0.436	371	X-RAY DIFFRACTION	121	66
2.065-2.07	0.413	458	X-RAY DIFFRACTION	121	84
2.07-2.076	0.41	506	X-RAY DIFFRACTION	121	86
2.076-2.082	0.392	391	X-RAY DIFFRACTION	121	67
2.082-2.088	0.371	214	X-RAY DIFFRACTION	121	36
2.088-2.094	0.333	218	X-RAY DIFFRACTION	121	41
2.094-2.1	0.35	289	X-RAY DIFFRACTION	121	48
2.1-2.106	0.313	396	X-RAY DIFFRACTION	121	65
2.106-2.113	0.311	462	X-RAY DIFFRACTION	121	79
2.113-2.119	0.31	442	X-RAY DIFFRACTION	121	82
2.119-2.125	0.273	471	X-RAY DIFFRACTION	121	84
2.125-2.132	0.239	502	X-RAY DIFFRACTION	121	86
2.132-2.138	0.246	485	X-RAY DIFFRACTION	121	88
2.138-2.145	0.24	525	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.145-2.152	0.236	531	X-RAY DIFFRACTION	121	88
2.152-2.158	0.233	501	X-RAY DIFFRACTION	121	87
2.158-2.165	0.234	534	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.165-2.172	0.246	488	X-RAY DIFFRACTION	121	90
2.172-2.179	0.239	512	X-RAY DIFFRACTION	121	90
2.179-2.187	0.212	513	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.187-2.194	0.22	557	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.194-2.201	0.237	489	X-RAY DIFFRACTION	121	88
2.201-2.209	0.231	465	X-RAY DIFFRACTION	121	83
2.209-2.216	0.258	402	X-RAY DIFFRACTION	121	66
2.216-2.224	0.269	330	X-RAY DIFFRACTION	121	57
2.224-2.232	0.269	286	X-RAY DIFFRACTION	121	53
2.232-2.24	0.251	410	X-RAY DIFFRACTION	121	66
2.24-2.248	0.264	450	X-RAY DIFFRACTION	121	84
2.248-2.256	0.198	428	X-RAY DIFFRACTION	121	77
2.256-2.264	0.293	494	X-RAY DIFFRACTION	121	82
2.264-2.272	0.233	342	X-RAY DIFFRACTION	121	57
2.272-2.281	0.234	336	X-RAY DIFFRACTION	121	56
2.281-2.289	0.235	376	X-RAY DIFFRACTION	121	70
2.289-2.298	0.22	463	X-RAY DIFFRACTION	121	80
2.298-2.307	0.212	492	X-RAY DIFFRACTION	121	87
2.307-2.316	0.207	519	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.316-2.325	0.194	536	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.325-2.334	0.206	517	X-RAY DIFFRACTION	121	92
2.334-2.344	0.2	552	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.344-2.353	0.197	512	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.353-2.363	0.188	505	X-RAY DIFFRACTION	121	90
2.363-2.373	0.186	534	X-RAY DIFFRACTION	121	90
2.373-2.383	0.21	480	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.383-2.394	0.202	566	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.394-2.404	0.2	495	X-RAY DIFFRACTION	121	90
2.404-2.415	0.191	525	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.415-2.425	0.197	548	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.425-2.437	0.203	506	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.437-2.448	0.207	491	X-RAY DIFFRACTION	121	88
2.448-2.459	0.206	529	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.459-2.471	0.205	532	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.471-2.483	0.206	526	X-RAY DIFFRACTION	121	90
2.483-2.495	0.194	531	X-RAY DIFFRACTION	121	92
2.495-2.507	0.204	511	X-RAY DIFFRACTION	121	90
2.507-2.52	0.215	516	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.52-2.533	0.209	506	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.533-2.546	0.211	511	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.546-2.559	0.206	540	X-RAY DIFFRACTION	121	90
2.559-2.573	0.211	532	X-RAY DIFFRACTION	121	93
2.573-2.587	0.208	517	X-RAY DIFFRACTION	121	90
2.587-2.601	0.212	502	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.601-2.616	0.205	498	X-RAY DIFFRACTION	121	88
2.616-2.631	0.211	479	X-RAY DIFFRACTION	121	82
2.631-2.646	0.221	495	X-RAY DIFFRACTION	121	84
2.646-2.661	0.223	510	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.661-2.678	0.198	506	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.678-2.694	0.195	526	X-RAY DIFFRACTION	121	88
2.694-2.711	0.201	485	X-RAY DIFFRACTION	121	84
2.711-2.728	0.201	528	X-RAY DIFFRACTION	121	88
2.728-2.746	0.202	514	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.746-2.764	0.198	504	X-RAY DIFFRACTION	121	92
2.764-2.783	0.202	509	X-RAY DIFFRACTION	121	89
2.783-2.802	0.206	525	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.802-2.822	0.21	552	X-RAY DIFFRACTION	121	93
2.822-2.842	0.188	544	X-RAY DIFFRACTION	121	92
2.842-2.863	0.209	504	X-RAY DIFFRACTION	121	91
2.863-2.884	0.203	551	X-RAY DIFFRACTION	121	93
2.884-2.906	0.213	540	X-RAY DIFFRACTION	121	93
2.906-2.929	0.197	539	X-RAY DIFFRACTION	121	93
2.929-2.953	0.208	527	X-RAY DIFFRACTION	121	92
2.953-2.977	0.218	532	X-RAY DIFFRACTION	121	94
2.977-3.003	0.201	554	X-RAY DIFFRACTION	121	94
3.003-3.029	0.199	531	X-RAY DIFFRACTION	121	92
3.029-3.056	0.193	580	X-RAY DIFFRACTION	121	93
3.056-3.084	0.202	502	X-RAY DIFFRACTION	121	95
3.084-3.113	0.197	539	X-RAY DIFFRACTION	121	94
3.113-3.143	0.199	565	X-RAY DIFFRACTION	121	96
3.143-3.174	0.203	531	X-RAY DIFFRACTION	121	92
3.174-3.207	0.179	527	X-RAY DIFFRACTION	121	93
3.207-3.241	0.185	537	X-RAY DIFFRACTION	121	94
3.241-3.277	0.187	550	X-RAY DIFFRACTION	121	92
3.277-3.314	0.179	523	X-RAY DIFFRACTION	121	93
3.314-3.353	0.175	537	X-RAY DIFFRACTION	121	93
3.353-3.394	0.167	529	X-RAY DIFFRACTION	121	92
3.394-3.437	0.176	566	X-RAY DIFFRACTION	121	93
3.437-3.482	0.183	515	X-RAY DIFFRACTION	121	93
3.482-3.53	0.164	558	X-RAY DIFFRACTION	121	94
3.53-3.58	0.175	537	X-RAY DIFFRACTION	121	93
3.58-3.634	0.168	530	X-RAY DIFFRACTION	121	93
3.634-3.69	0.174	530	X-RAY DIFFRACTION	121	92
3.69-3.751	0.167	574	X-RAY DIFFRACTION	121	94
3.751-3.815	0.169	497	X-RAY DIFFRACTION	121	92
3.815-3.885	0.173	556	X-RAY DIFFRACTION	121	92
3.885-3.959	0.166	522	X-RAY DIFFRACTION	121	92
3.959-4.04	0.142	541	X-RAY DIFFRACTION	121	92
4.04-4.128	0.147	548	X-RAY DIFFRACTION	121	92
4.128-4.224	0.146	512	X-RAY DIFFRACTION	121	94
4.224-4.329	0.14	570	X-RAY DIFFRACTION	121	94
4.329-4.446	0.137	517	X-RAY DIFFRACTION	121	94
4.446-4.577	0.138	571	X-RAY DIFFRACTION	121	93
4.577-4.724	0.132	523	X-RAY DIFFRACTION	121	93
4.724-4.893	0.132	543	X-RAY DIFFRACTION	121	94
4.893-5.089	0.137	549	X-RAY DIFFRACTION	121	95
5.089-5.32	0.152	547	X-RAY DIFFRACTION	121	94
5.32-5.6	0.153	542	X-RAY DIFFRACTION	121	93
5.6-5.949	0.173	539	X-RAY DIFFRACTION	121	92
5.949-6.407	0.174	529	X-RAY DIFFRACTION	121	91
6.407-7.049	0.16	548	X-RAY DIFFRACTION	121	94
7.049-8.062	0.169	532	X-RAY DIFFRACTION	121	91
8.062-10.133	0.145	536	X-RAY DIFFRACTION	121	92
10.133-41.138	0.173	546	X-RAY DIFFRACTION	121	91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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