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- PDB-2ze8: Crystal Structure of adenosine phosphate-isopentenyltransferase c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ze8
タイトルCrystal Structure of adenosine phosphate-isopentenyltransferase complexed with diphosphate
要素Isopentenyl transferase
キーワードTRANSFERASE / Crown gall tumor / Cytokinin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate dimethylallyltransferase (AMP-dependent) / AMP dimethylallyltransferase activity / cytokinin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Adenylate dimethylallyltransferase / Isopentenyl transferase / Crystal structure of tRNA isopentenylpyrophosphate transferase (bh2366) domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / Adenylate dimethylallyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sakakibara, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural insight into the reaction mechanism and evolution of cytokinin biosynthesis.
著者: Sugawara, H. / Ueda, N. / Kojima, M. / Makita, N. / Yamaya, T. / Sakakibara, H.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopentenyl transferase
B: Isopentenyl transferase
C: Isopentenyl transferase
D: Isopentenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0758
ポリマ－115,3714
非ポリマー7044
水00
1
A: Isopentenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0192
ポリマ－28,8431
非ポリマー1761
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isopentenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0192
ポリマ－28,8431
非ポリマー1761
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Isopentenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0192
ポリマ－28,8431
非ポリマー1761
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Isopentenyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0192
ポリマ－28,8431
非ポリマー1761
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.510, 97.568, 131.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASP1AA1 - 1481 - 148
21METMETASPASP1BB1 - 1481 - 148
31METMETASPASP1CC1 - 1481 - 148
41METMETASPASP1DD1 - 1481 - 148
52PROPROPROPRO4AA150 - 226150 - 226
62PROPROPROPRO4BB150 - 226150 - 226
72PROPROPROPRO4CC150 - 226150 - 226
82PROPROPROPRO4DD150 - 226150 - 226

-
要素

#1: タンパク質
Isopentenyl transferase / adenosine phosphate-isopentenyl transferase / Dimethylallyl transferase / Trans-zeatin producing protein


分子量: 28842.814 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
遺伝子: tzs / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: P58758, adenylate dimethylallyltransferase (AMP-dependent)
#2: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 1.4-2.0M sodium formate, 5mM magnesium chloride, 0.1M sodium acetate buffer, 20mM dimethylallyl diphosphate, pH 4.8-5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→131.31 Å / Num. obs: 29244 / % possible obs: 97.83 % / Biso Wilson estimate: 39.384 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.8→131.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 51.308 / SU ML: 0.431 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 7.289 / ESU R Free: 0.433 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30218 1566 5.1 %RANDOM
Rwork0.2303 ---
obs0.23385 29244 97.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.639 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.88 Å20 Å20 Å2
2--4.1 Å20 Å2
3----7.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→131.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7260 0 36 0 7296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0217456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9751.96710108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8535900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.18622.826368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.088151288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.8051584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.21084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3370.34321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3770.55108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2720.5574
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3750.332
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3680.510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.14824631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88437272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1523216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.81832836
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1174tight positional0.090.05
2B1174tight positional0.10.05
3C1174tight positional0.080.05
4D1174tight positional0.080.05
1A630medium positional0.30.5
2B630medium positional0.340.5
3C630medium positional0.350.5
4D630medium positional0.350.5
1A1174tight thermal0.20.5
2B1174tight thermal0.190.5
3C1174tight thermal0.180.5
4D1174tight thermal0.170.5
1A630medium thermal0.742
2B630medium thermal0.72
3C630medium thermal0.972
4D630medium thermal0.862
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 113 -
Rwork0.398 1966 -
obs--90.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.48851.5753-1.95052.4806-1.23252.30550.11120.39850.269-0.38110.08890.10550.34070.2841-0.2001-0.09990.21050.0344-0.09040.2454-0.321139.307519.215767.4344
24.57981.66261.08473.45991.27693.18390.12560.7497-0.3792-0.76720.0904-0.0794-0.4002-0.0935-0.2160.14720.2328-0.0683-0.12720.1869-0.301959.2371-19.51611.8854
32.68621.2847-1.75354.4646-1.16952.90840.0432-0.69880.07780.41920.11680.37170.17680.6019-0.16-0.06180.22740.0205-0.06610.3048-0.312329.84069.876696.3467
43.30511.71971.06375.54041.86232.5550.1322-0.56130.01960.53720.037-0.31750.1131-0.2165-0.1692-0.10780.1315-0.06610.23320.2165-0.372668.5583-9.994430.867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 226
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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