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万見
- PDB-2zdi: Crystal structure of Prefoldin from Pyrococcus horikoshii OT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zdi
タイトルCrystal structure of Prefoldin from Pyrococcus horikoshii OT3
要素
  • Prefoldin subunit alpha
  • Prefoldin subunit beta
キーワードCHAPERONE / PREFOLDIN / Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


prefoldin complex / unfolded protein binding / protein folding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prefoldin subunit beta / Helix Hairpins - #370 / Prefoldin beta-like / Prefoldin alpha-like / Prefoldin alpha subunit, archaea-type / Prefoldin subunit / Prefoldin subunit / Prefoldin / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Prefoldin subunit alpha / Prefoldin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kida, H. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure and molecular dynamics simulation of archaeal prefoldin: the molecular mechanism for binding and recognition of nonnative substrate proteins
著者: Ohtaki, A. / Kida, H. / Miyata, Y. / Ide, N. / Yonezawa, A. / Arakawa, T. / Iizuka, R. / Noguchi, K. / Kita, A. / Odaka, M. / Miki, K. / Yohda, M.
履歴
登録2007年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prefoldin subunit beta
B: Prefoldin subunit beta
C: Prefoldin subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9836
ポリマ－43,6943
非ポリマー2883
水00
1
A: Prefoldin subunit beta
B: Prefoldin subunit beta
C: Prefoldin subunit alpha
ヘテロ分子

A: Prefoldin subunit beta
B: Prefoldin subunit beta
C: Prefoldin subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,96512
ポリマ－87,3896
非ポリマー5766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area10300 Å2
ΔGint-107.9 kcal/mol
Surface area42230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.173, 98.750, 78.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Prefoldin subunit beta / GimC subunit beta


分子量: 13333.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: pfdB / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58268
#2: タンパク質 Prefoldin subunit alpha / GimC subunit alpha


分子量: 17027.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: pfdA / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58263
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
配列の詳細THE N-TERMINAL 3 RESIDUES (MET, ILE, ARG) OF CHAIN C (ENTITY 2) WERE INCLUDED IN ACCESSION NO. ...THE N-TERMINAL 3 RESIDUES (MET, ILE, ARG) OF CHAIN C (ENTITY 2) WERE INCLUDED IN ACCESSION NO. BA000001-547 OF DDBJ DATABASE, BUT NOT IN ACCESSION NO. O58263 OF UNIPROT DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 400, 0.1M Sodium chloride, 0.1M Lithium sulfate, 0.1M MES-NaOH pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 10215 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 66.56 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 25.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP9.4.09位相決定
PHENIX1.24.1b精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FXK

1fxk


解像度: 3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 478 -RANDOM
Rwork0.24 ---
obs-9874 92.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.36 Å20 Å20 Å2
2--29.01 Å20 Å2
3---26.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2651 0 15 0 2666

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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