PDB-2zc2: Crystal structure of DnaD-like replication protein from Streptoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zc2

タイトル

Crystal structure of DnaD-like replication protein from Streptococcus mutans UA159, gi 24377835, residues 127-199

要素

DnaD-like replication protein

キーワード

REPLICATION / replication protein / DnaD-like / gi 24377835 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Duke, N.E.C. / Clancy, S. / Duggan, E. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of DnaD-like replication protein from Streptococcus mutans UA159.
著者: Duke, N.E.C. / Clancy, S. / Duggan, E. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年11月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zc2.cif.gz	43.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zc2.ent.gz	32.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2zc2_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zc2_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	2zc2_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	2zc2_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/2zc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/2zc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6l0o-d 6psd-1 6hc0-5 1iue-2 1u39-d 6psd-5 4pyu-1 4pyu-3 3brl-d 6fdd-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86154.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DnaD-like replication protein

B: DnaD-like replication protein

ヘテロ分子

18.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DnaD-like replication protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
9.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DnaD-like replication protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
9.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.701, 81.701, 52.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	DnaD-like replication protein 分子量: 9134.942 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 127-199 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans UA159 (バクテリア) 生物種: Streptococcus mutans / 株: UA159 / Serotype c / 遺伝子: SMU_1465c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q8DT97
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% v/v 1,4-butanediol, 0.1M Imidazole, 0.2M Zinc acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月3日

放射

モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 8.8 % / Av σ(I) over netI: 11.7 / 数: 200964 / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 1.03 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 22797 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.83	50	99.3	1	0.018	0.702	10.1
5.43	6.83	100	1	0.024	0.725	10.4
4.74	5.43	100	1	0.022	0.692	10.5
4.31	4.74	100	1	0.022	0.732	10.5
4	4.31	100	1	0.024	0.728	10.4
3.76	4	100	1	0.026	0.745	9.7
3.58	3.76	100	1	0.028	0.823	9.3
3.42	3.58	100	1	0.036	0.944	9.6
3.29	3.42	100	1	0.044	1.033	9.7
3.17	3.29	100	1	0.051	1.183	9.8
3.08	3.17	100	1	0.061	1.301	9.9
2.99	3.08	100	1	0.068	1.305	9.8
2.91	2.99	100	1	0.078	1.335	9.8
2.84	2.91	100	1	0.087	1.289	9.8
2.77	2.84	100	1	0.103	1.266	9.8
2.71	2.77	100	1	0.104	1.209	9.6
2.66	2.71	100	1	0.115	1.134	9.6
2.61	2.66	100	1	0.114	1.175	9.5
2.56	2.61	100	1	0.13	1.112	9.4
2.52	2.56	100	1	0.134	1.09	9.2
2.48	2.52	100	1	0.154	1.112	9.2
2.44	2.48	100	1	0.143	1.051	8.9
2.41	2.44	100	1	0.16	1.095	8.9
2.37	2.41	100	1	0.158	1.112	8.7
2.34	2.37	100	1	0.169	1.076	8.6
2.31	2.34	100	1	0.172	1.032	8.6
2.28	2.31	100	1	0.231	1.054	8.5
2.25	2.28	99.7	1	0.214	1.052	8.4
2.23	2.25	99.8	1	0.225	1.045	8.2
2.2	2.23	99.8	1	0.232	1.009	8.3
2.18	2.2	99	1	0.265	0.981	7.9
2.15	2.18	99.1	1	0.25	1.043	8
2.13	2.15	98.5	1	0.3	1.056	7.7
2.11	2.13	98.7	1	0.312	1.015	7.7
2.09	2.11	98.5	1	0.329	0.997	7.4
2.07	2.09	96.9	1	0.342	1.001	7
2.05	2.07	96.7	1	0.379	1.03	6.6
2.03	2.05	96.2	1	0.46	1.011	6
2.02	2.03	94.1	1	0.459	1.049	5.8
2	2.02	93	1	0.527	0.997	5.3

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22797 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

解像度: 2→2.02 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.527 / Num. unique all: 559 / Χ²: 0.997 / % possible all: 93

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.213 / FOM acentric: 0.257 / FOM centric: 0 / 反射: 10802 / Reflection acentric: 8962 / Reflection centric: 1840

Phasing MAD set

R cullis acentric: 1.53 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 8962 / Reflection centric: 1840

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.98-50	1.58	0.6	0.3	22	37
7.46-12.98	1.67	0.5	0.3	130	96
5.23-7.46	2.29	0.4	0.1	344	148
4.03-5.23	1.12	0.2	0.2	656	208
3.28-4.03	1.12	0.1	0.1	1081	257
2.76-3.28	2.13	0	0	1590	313
2.39-2.76	2.7	0	0	2218	372
2.1-2.39	1.29	0	0	2921	409

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z
1	Se	48.15793	0.504	0.334	0.025
2	Se	77.86912	0.536	0.624	0.042
3	Se	41.17496	0.32	0.162	0.006
4	Se	44.65211	0.834	0.52	0.069
5	Se	57.94392	0.57	0.635	0.02
6	Se	54.097	0.365	0.543	-0.007
7	Se	75.5601	0.357	0.521	-0.009
8	Se	62.63144	0.201	0.705	0.077
9	Se	75.57895	0.488	0.907	0.039
10	Se	60.55979	0.242	0.133	0.008
11	Se	81.69875	0.297	0.232	0.01
12	Se	72.27107	0.119	0.16	0.076
13	Se	52.95457	0.361	0.203	0.123
14	Se	109.7773	0.037	0.505	0.054
15	Se	47.08311	0.318	0.496	0.026

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.98-50	0.229	0.614	59	22	37
7.46-12.98	0.352	0.612	226	130	96
5.23-7.46	0.383	0.548	492	344	148
4.03-5.23	0.417	0.549	864	656	208
3.28-4.03	0.394	0.488	1338	1081	257
2.76-3.28	0.276	0.33	1903	1590	313
2.39-2.76	0.153	0.178	2590	2218	372
2.1-2.39	0.065	0.074	3330	2921	409

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 10802

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.11-100	70	0.652	503
4.78-6.11	63	0.848	507
4.15-4.78	62.5	0.892	506
3.75-4.15	61.9	0.893	509
3.47-3.75	61.3	0.911	502
3.25-3.47	62.8	0.87	505
3.09-3.25	61	0.871	508
2.95-3.09	65.8	0.879	504
2.83-2.95	70.3	0.873	507
2.73-2.83	67.9	0.866	506
2.64-2.73	73.9	0.887	511
2.56-2.64	72.7	0.855	503
2.49-2.56	69.6	0.897	513
2.43-2.49	75.7	0.857	509
2.37-2.43	76.2	0.898	503
2.32-2.37	78.8	0.88	507
2.27-2.32	79.5	0.874	504
2.23-2.27	79.3	0.869	508
2.19-2.23	80.1	0.856	512
2.15-2.19	80.9	0.864	521
2.1-2.15	85.9	0.816	654

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→40.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 4.991 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Bijvoet differences were used in phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	518	4.8 %	RANDOM
R_work	0.243	-	-	-
obs	0.246	10802	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1252	0	9	52	1313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.72	1.956	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.418	5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.702	24.324	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.972	15	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.978	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	887
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.178	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.292	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.278	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.227	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.428	1.5	783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.227	2	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.702	3	567
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.72	4.5	502

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	40	-
R_work	0.229	724	-
all	-	764	-
obs	-	-	98.45 %

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