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- PDB-2zb0: Crystal structure of P38 in complex with biphenyl amide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zb0
タイトルCrystal structure of P38 in complex with biphenyl amide inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / Serine/threonine protein kinase / map kinase / P38 / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation ...stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / D-glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / p38MAPK cascade / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / fatty acid oxidation / MAP kinase kinase activity / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / signal transduction in response to DNA damage / mitogen-activated protein kinase / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / osteoclast differentiation / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / positive regulation of D-glucose import / stem cell differentiation / cellular response to ionizing radiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / NOD1/2 Signaling Pathway / response to insulin / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / placenta development / cellular response to virus / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / chemotaxis / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular senescence / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / angiogenesis / secretory granule lumen / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GK3 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Somers, D.O.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Biphenyl amide p38 kinase inhibitors 1: Discovery and binding mode
著者: Angell, R.M. / Bamborough, P. / Cleasby, A. / Cockerill, S.G. / Jones, K.L. / Mooney, C.J. / Somers, D.O. / Walker, A.L.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Biphenyl amide p38 kinase inhibitors 2: Optimisation and SAR
著者: Angell, R.M. / Angell, T.D. / Bamborough, P. / Brown, D. / Brown, M. / Buckton, J.B. / Cockerill, S.G. / Edwards, C.D. / Jones, K.L. / Longstaff, T. / Smee, P.A. / Smith, K.J. / Somers, D.O. ...著者: Angell, R.M. / Angell, T.D. / Bamborough, P. / Brown, D. / Brown, M. / Buckton, J.B. / Cockerill, S.G. / Edwards, C.D. / Jones, K.L. / Longstaff, T. / Smee, P.A. / Smith, K.J. / Somers, D.O. / Walker, A.L. / Willson, M.
履歴
登録2007年10月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8303
ポリマ－41,3431
非ポリマー4872
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.378, 85.716, 124.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti- ...Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAX-interacting protein 2 / MAP kinase MXI2 / SAPK2A


分子量: 41343.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BRL / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GK3 / N-(3-cyanophenyl)-2'-methyl-5'-(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)-4-biphenylcarboxamide


分子量: 394.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18N4O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→35 Å / Num. obs: 28080 / % possible obs: 95.9 % / Biso Wilson estimate: 33.218 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2615 / Χ2: 1.071 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.3.0006精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.782 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 1403 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 27981 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.43 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2810 0 36 285 3131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9763964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7765350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29323.971136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63215504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8131519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21996
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.32421808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08932838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9824.51278
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.24961125
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 84 -
Rwork0.235 1848 -
all-1932 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50281.903-0.37213.8069-1.88333.4261-0.2090.1218-0.1523-0.49510.037-0.26950.2394-0.05550.172-0.14980.03760.0336-0.12290.0353-0.088631.803129.794428.5002
22.7225-2.1054-0.11323.07810.47971.867-0.00380.1378-0.0594-0.11930.0240.1178-0.004-0.0811-0.0202-0.2053-0.03310.0033-0.16050.001-0.25452.189422.613348.9303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 109
2X-RAY DIFFRACTION1A318 - 352
3X-RAY DIFFRACTION2A110 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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