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万見
- PDB-2zag: Crystal structure of the SeMet-substituted soluble domain of STT3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zag
タイトルCrystal structure of the SeMet-substituted soluble domain of STT3 from P. furiosus
要素Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
キーワードTRANSFERASE / Multi-domain proteins (alpha and beta)
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase / oligosaccharyl transferase activity / protein glycosylation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #390 / Immunoglobulin-like - #3020 / Immunoglobulin-like - #3030 / Oligosaccharyltransferase, peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase insert domain / : / Oligosaccharyltransferase Peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase Insert domain / Oligosaccharyl transferase, Peripheral 1 domain / Rossmann fold - #12610 ...Lipocalin - #390 / Immunoglobulin-like - #3020 / Immunoglobulin-like - #3030 / Oligosaccharyltransferase, peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase insert domain / : / Oligosaccharyltransferase Peripheral 2 domain / Oligosaccharyltransferase Insert domain / Oligosaccharyl transferase, Peripheral 1 domain / Rossmann fold - #12610 / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal / Lipocalin / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-phosphooligosaccharide-protein glycotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Maita, N.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structure-guided identification of a new catalytic motif of oligosaccharyltransferase
著者: Igura, M. / Maita, N. / Kamishikiryo, J. / Yamada, M. / Obita, T. / Maenaka, K. / Kohda, D.
履歴
登録2007年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
B: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
C: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
D: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,14412
ポリマ－224,8424
非ポリマー3028
水00
1
A: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2863
ポリマ－56,2111
非ポリマー762
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2863
ポリマ－56,2111
非ポリマー762
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2863
ポリマ－56,2111
非ポリマー762
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2863
ポリマ－56,2111
非ポリマー762
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
B: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5726
ポリマ－112,4212
非ポリマー1514
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
手法PISA
6
C: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
D: Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5726
ポリマ－112,4212
非ポリマー1514
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.402, 266.397, 73.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Oligosaccharyl transferase stt3 subunit related protein


分子量: 56210.590 Da / 分子数: 4 / 断片: Soluble domain, UNP residues 471-967 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF0156 / プラスミド: pET21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8U4D2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 22% PEG 4000, 0.3M NaCOOH, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 55387 / Num. obs: 55387 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 5441 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2716 3916 -RANDOM
Rwork0.2197 ---
all-55142 --
obs-55126 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.085 Å20 Å20 Å2
2---4.221 Å20 Å2
3---8.306 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15171 0 8 0 15179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008244
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.50252
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.01976
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85551
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4086 369 -
Rwork0.3572 --
obs-5423 99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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