[日本語] English
- PDB-2zae: Crystal structure of protein Ph1601p in complex with protein Ph17... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zae
タイトルCrystal structure of protein Ph1601p in complex with protein Ph1771p of archaeal ribonuclease P from Pyrococcus horikoshii OT3
要素(Ribonuclease P protein component ...) x 2
キーワードHYDROLASE / Ribonuclease P Protein subunits / hetero dimer / tRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #20 / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / Ribonuclease P subunit RNP4 / Ribonuclease P protein subunit RNP1 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. ...N-terminal domain of TfIIb - #20 / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / Ribonuclease P subunit RNP4 / Ribonuclease P protein subunit RNP1 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. / Rof/RNase P-like / N-terminal domain of TfIIb / Immunoglobulin FC, subunit C / Other non-globular / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Special / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Ribonuclease P protein component 4 / Ribonuclease P protein component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Honda, T. / Kakuta, Y. / Kimura, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2008
タイトル: Structure of an archaeal homolog of the human protein complex Rpp21-Rpp29 that is a key core component for the assembly of active ribonuclease P.
著者: Honda, T. / Kakuta, Y. / Kimura, K. / Saho, J. / Kimura, M.
履歴
登録2007年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P protein component 1
B: Ribonuclease P protein component 4
C: Ribonuclease P protein component 1
D: Ribonuclease P protein component 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,45219
ポリマ-59,3954
非ポリマー1,05715
3,225179
1
A: Ribonuclease P protein component 1
B: Ribonuclease P protein component 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,28710
ポリマ-29,6972
非ポリマー5908
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ribonuclease P protein component 1
D: Ribonuclease P protein component 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1659
ポリマ-29,6972
非ポリマー4687
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.829, 127.070, 51.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-150-

HOH

-
要素

-
Ribonuclease P protein component ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ribonuclease P protein component 1 / RNase P component 1


分子量: 15070.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / : OT3 / 遺伝子: rnp1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus RIL / 参照: UniProt: O59425, ribonuclease P
#2: タンパク質 Ribonuclease P protein component 4 / RNase P component 4


分子量: 14626.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / : OT3 / 遺伝子: rnp4 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus RIL / 参照: UniProt: O59248, ribonuclease P

-
非ポリマー , 4種, 194分子

#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : NO3
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化温度: 293.4 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M KNO3, 50mM NaCl,50mM Tris-HCl , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 25221 / Num. obs: 25221 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique all: 1552 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X0T, 1V76
解像度: 2.21→42.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 11.868 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25005 1273 5 %RANDOM
Rwork0.19938 ---
obs0.20191 23939 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→42.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3365 0 62 179 3606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.9774675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2855406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.60720.065153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.92815686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1171553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6511.52113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10423292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60631567
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.464.51381
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.207→2.264 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 73 -
Rwork0.232 1552 -
obs--87.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.0263-2.35772.68815.8309-2.66183.5777-0.226-0.26340.18310.4540.1246-0.1865-0.5492-0.13210.1014-0.00250.0285-0.0330.08890.01740.104211.564-14.6559-6.7273
24.0035-1.8971-1.02275.690.06033.8416-0.17490.0799-0.121-0.24790.0273-0.17880.39740.23940.14750.07320.08750.04050.06740.03270.139526.4866-25.1646-12.9144
33.90182.1607-4.00331.2374-1.577714.11860.2729-0.74570.2360.90490.06730.0257-1.57490.2935-0.34030.20170.0657-0.0230.05580.0230.068324.5567-23.0356.4743
48.56081.63270.05434.6256-1.27555.11340.0938-0.26690.04080.1935-0.1508-0.44-0.34230.24050.05710.0380.0425-0.00970.06310.01170.135124.4662-16.2732-3.8103
54.6467-0.96041.04462.6344-2.19412.0215-0.0544-0.32110.02630.25170.0902-0.1118-0.2648-0.1866-0.03580.02420.0317-0.05960.1239-0.01130.109122.6566-17.07432.3231
64.54252.41360.035610.0203-2.57325.2661-0.24660.14950.1275-0.56570.0882-0.52130.1710.61230.15840.00230.0604-0.01760.06830.02280.113130.7986-23.7135-7.1629
711.5908-3.69311.90185.6876-1.69785.40430.07560.9701-0.2196-0.4859-0.5331-0.5860.36361.20380.45750.0610.05670.03660.16640.09940.072330.0963-21.0431-21.8751
87.4669-2.2851-1.53933.6688-2.24315.6793-0.0185-0.10970.2349-0.0906-0.0091-0.0966-0.20630.02220.02760.09040.0127-0.02290.05320.02740.121218.4642-10.7524-15.8934
916.96331.0905-0.038112.0489-2.69195.11740.25511.35910.8056-0.7107-0.1805-0.3802-0.12180.6072-0.07460.15950.11080.14140.14020.1329-0.006630.0467-13.4471-26.9725
101.05180.24612.2042.15520.80814.6590.3061-0.0287-0.06090.0438-0.1432-0.15430.52960.0481-0.1630.1265-0.0449-0.04420.0560.03920.092215.7195-7.8418-25.0865
1111.1928-4.97881.8674.36261.3222.46850.80451.59840.194-1.0178-0.4667-0.3111-0.2583-0.0008-0.33780.21780.02740.03670.12890.01480.07716.9243-2.9114-40.3034
129.7521.0972-0.01984.92383.127910.17640.02530.5405-0.2852-0.21030.04250.00470.28470.125-0.06780.0919-0.0214-0.02650.05220.02630.122813.0114-2.0252-31.6619
139.3408-1.1032-1.01812.49522.40693.38910.23980.03330.56570.2912-0.4551-0.0308-0.61790.00670.21530.05680.03030.02340.13760.01420.104274.1782-12.3751-6.0188
146.35431.90092.09394.3555-1.48073.7681-0.13440.2812-0.3026-0.13970.27340.18950.4501-0.3286-0.1390.1052-0.0950.02320.10180.00370.078256.8706-24.921-4.4423
151.54280.89242.84327.79640.131322.4312-0.2463-0.1216-0.3240.01830.05020.03190.12220.42590.19610.0414-0.0976-0.01190.07710.01070.14161.6561-19.9786-6.1639
161.0722-1.08910.48752.1562-0.84034.7909-0.0170.0724-0.0159-0.2097-0.00750.2241-0.02750.02530.02450.0199-0.0597-0.00250.08660.0440.135960.2965-12.5657-14.9795
176.39170.51661.49460.1154-0.5326.13220.09820.11250.3335-0.3041-0.05580.04140.0437-0.0467-0.04240.01920.0128-0.00640.09250.03090.140561.8014-11.0026-14.2827
184.0968-1.718-0.23425.7513-0.28474.7055-0.0894-0.00990.0526-0.13080.28380.37870.1054-0.5238-0.1945-0.0203-0.088-0.0230.14630.09130.127253.9479-19.1696-8.8371
1921.173111.70077.48028.54947.499433.89291.039-1.00260.27020.999-0.66821.1823-0.4817-3.0444-0.3708-0.1102-0.07860.15670.27530.07370.179747.5665-25.37856.321
205.33921.5209-0.14581.8488-0.1782.61810.0233-0.12070.06270.17750.01350.0794-0.0379-0.0438-0.03690.06680.0020.01630.0997-0.00180.112764.961-15.79854.1518
2127.0896-14.25743.774313.6045-0.71289.28990.0114-0.9198-0.38120.47230.15350.53780.1542-1.1022-0.16480.0452-0.10360.11480.080.01340.080655.6677-18.95412.6159
221.50250.1125-0.12564.0475-0.22092.34570.2551-0.14830.03440.1267-0.07770.03480.3163-0.0321-0.17750.0658-0.00730.01070.0930.01310.098570.158-14.156614.703
232.21731.5314-3.26762.5571-6.027114.2962-0.1192-0.56050.21510.23780.0308-0.08350.99760.98750.08830.48420.08180.1071-0.0133-0.00640.14473.0956-21.093631.1502
246.10871.8465-2.42933.6641-2.65524.9437-0.1704-0.2338-0.34790.14890.2276-0.08540.91460.0368-0.05720.23330.00640.01950.0478-0.00970.053170.4612-14.487222.842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA18 - 3018 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2AA31 - 5231 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3AA53 - 6653 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4AA67 - 8067 - 80
5X-RAY DIFFRACTION5AA81 - 9381 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6AA94 - 12294 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7BB11 - 2811 - 28
8X-RAY DIFFRACTION8BB29 - 5129 - 51
9X-RAY DIFFRACTION9BB52 - 6152 - 61
10X-RAY DIFFRACTION10BB62 - 8162 - 81
11X-RAY DIFFRACTION11BB82 - 9282 - 92
12X-RAY DIFFRACTION12BB93 - 10893 - 108
13X-RAY DIFFRACTION13CC17 - 2917 - 29
14X-RAY DIFFRACTION14CC30 - 4630 - 46
15X-RAY DIFFRACTION15CC47 - 5247 - 52
16X-RAY DIFFRACTION16CC53 - 7653 - 76
17X-RAY DIFFRACTION17CC77 - 9577 - 95
18X-RAY DIFFRACTION18CC96 - 12196 - 121
19X-RAY DIFFRACTION19DD12 - 1712 - 17
20X-RAY DIFFRACTION20DD18 - 5118 - 51
21X-RAY DIFFRACTION21DD52 - 6252 - 62
22X-RAY DIFFRACTION22DD63 - 8263 - 82
23X-RAY DIFFRACTION23DD83 - 9283 - 92
24X-RAY DIFFRACTION24DD93 - 10993 - 109

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る