PDB-2z93: Crystal structure of Fab fragment of anti-ciguatoxin antibody 10C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z93

タイトル

Crystal structure of Fab fragment of anti-ciguatoxin antibody 10C9 in complex with CTX3C-ABCD

要素

Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab heavy chain
Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunogloburin like fold

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-END

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ui, M. / Tanaka, Y. / Tsumoto, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: How Protein Recognizes Ladder-like Polycyclic Ethers: INTERACTIONS BETWEEN CIGUATOXIN (CTX3C) FRAGMENTS AND ITS SPECIFIC ANTIBODY 10C9
著者: Ui, M. / Tanaka, Y. / Tsumuraya, T. / Fujii, I. / Inoue, M. / Hirama, M. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2007年9月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z93.cif.gz	125.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z93.ent.gz	93.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z93.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/2z93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/2z93	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z91C 2z92SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vxb-3 1vjf-d 4ynl-2 5vxb-1 1lf8-3 3p3v-2 1juq-2 1im5-d 3iid-d 4ynl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab heavy chain

B: Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab light chain

C: Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab heavy chain

D: Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab light chain

ヘテロ分子

94.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab heavy chain

B: Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab light chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab heavy chain

D: Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.725, 45.410, 122.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab heavy chain 分子量: 23837.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma
#2: 抗体	Anti-ciguatoxin antibody 10C9 Fab light chain 分子量: 23223.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma
#3: 化合物	ChemComp-END / 1,6:5,9:8,12:11,16-TETRAANHYDRO-2,3,4,10,13,14-HEXADEOXY-D-GLYCERO-D-ALLO-D-GULO-HEPTADECA-2,13-DIENITOL / CTX3C-ABCD 分子量: 340.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₄O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE HAS BEEN ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, 30% PEG MME 2000, pH4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 35513 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.1 Å² / R_sym value: 0.056
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique all: 3332 / R_sym value: 0.349 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z92

2z92

解像度: 2.4→9.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.877 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.822 / R_factor R_free error: 0.006 / SU B: 17.54 / SU ML: 0.21 / Data cutoff high absF: 1384755.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.34	3396	9.9 %	RANDOM
R_work	0.297	-	-	-
obs	-	34177	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 44.1197 Å² / k_sol: 0.414504 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.59 Å²	0 Å²	1.87 Å²
2-	-	19.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.64 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.47 Å	0.39 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.31 Å	0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→9.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4162	0	24	121	4307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	27.9
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.03
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.3	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.14	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.9	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.42	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.55 Å / R_factor R_free error: 0.016 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	545	9.8 %
R_work	0.311	4992	-
obs	-	-	97.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8221	0.8706	-0.5911	8.6004	-2.0753	4.5406	0.1548	1.4226	-0.9198	-0.3432	-0.1453	0.2566	0.4087	0.4754	-0.0095	-0.1663	0.0436	-0.0006	0.5017	-0.2565	-0.2793	24.761	-0.178	29.685
2	6.0933	-1.1498	0.8916	0.2357	0.07	3.9782	-0.0579	1.1611	-0.5281	0.0059	0.1538	-0.0784	0.383	0.0742	-0.0959	-0.0827	-0.0231	0.0548	0.1	-0.1282	-0.1358	9.006	1.971	35.727
3	1.6611	-0.4217	-0.2388	1.8128	-0.1888	1.0049	-0.093	0.1675	-0.1182	0.0182	0.0723	0.0109	0.0663	-0.289	0.0207	-0.1335	-0.019	0.0028	-0.0788	-0.0168	-0.0858	43.421	-6.476	58.858
4	11.4637	-0.2517	-0.816	0.0719	-0.5855	5.5444	-0.1781	2.112	0.6206	0.1274	0.0922	0.0816	-0.1067	0.0307	0.0859	-0.3112	0.0528	-0.0355	0.3816	0.2058	-0.2621	47.275	9.358	31.67
5	1.8906	0.42	-0.5207	0.5813	-0.3598	1.8064	-0.0072	-0.0178	0.0885	-0.0014	-0.015	-0.0967	-0.0249	-0.0696	0.0223	-0.075	0.0107	0.0325	-0.2072	0.0016	-0.0385	64.954	-0.994	60.022
6	7.8277	0.0562	2.6373	2.7277	-1.3098	3.2993	-0.5546	0.8146	0.9901	-0.1809	0.398	0.2476	-0.3788	-0.18	0.1567	-0.084	-0.0276	-0.0794	0.0553	0.3351	-0.0827	59.775	18.867	35.922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	116 - 212
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	115 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	116 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	107 - 205

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	DFOBS:CTOX.param	DFOBS:CTOX.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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