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- PDB-2z90: Crystal Structure of the Second Dps from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z90
タイトルCrystal Structure of the Second Dps from Mycobacterium smegmatis
要素Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / QUARTERNARY ASSEMBLY / FERROXIDATION
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Roy, S. / Saraswathi, R. / Chatterji, D. / Vijayan, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural studies on the second Mycobacterium smegmatis Dps: invariant and variable features of structure, assembly and function.
著者: Roy, S. / Saraswathi, R. / Chatterji, D. / Vijayan, M.
履歴
登録2007年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
B: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
C: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
D: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,76212
ポリマ－71,4194
非ポリマー3438
水7,422412
1
A: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
B: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
C: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
D: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
ヘテロ分子

A: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
B: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
C: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
D: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
ヘテロ分子

A: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
B: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
C: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
D: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,28736
ポリマ－214,25812
非ポリマー1,02924
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area55020 Å2
ΔGint-209.4 kcal/mol
Surface area57450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.008, 90.008, 421.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-163-

MG

21A-164-

CL

31A-263-

HOH

41D-256-

HOH

51D-257-

HOH

61D-258-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit


分子量: 17854.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
生物種: Mycobacterium smegmatis / 株: MC(2)155 / 遺伝子: MSMEG_3242 / プラスミド: pETMsDps2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A0QXB7
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch method under oil / pH: 6.5
詳細: 20mM Tris-HCl (pH 7.9), 200 mM NaCl, PEG-3000, 200mM MgCl2, 0.1M sodium cacodylate (pH 6.5), Microbatch method under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 26434 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2584 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O9R

1o9r


解像度: 2.4→29.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 4171381.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1276 4.8 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 26434 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.079 Å2 / ksol: 0.323615 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.13 Å22.55 Å20 Å2
2--3.13 Å20 Å2
3----6.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4973 0 8 412 5393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.151.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.632.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 207 4.8 %
Rwork0.212 4104 -
obs-4104 99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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