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- PDB-2z8l: Crystal Structure of the Staphylococcal superantigen-like protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z8l
タイトルCrystal Structure of the Staphylococcal superantigen-like protein SSL5 at pH 4.6 complexed with sialyl Lewis X
要素Exotoxin 3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / OB fold / B-grasp
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal ...Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sialyl-Lewis X antigen, beta anomer / PHOSPHATE ION / Exotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Baker, H.M. / Basu, I. / Chung, M.C. / Caradoc Davies, T. / Fraser, J.D. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of the staphylococcal toxin SSL5 in complex with sialyl Lewis X reveal a conserved binding site that shares common features with viral and bacterial sialic acid binding proteins
著者: Baker, H.M. / Basu, I. / Chung, M.C. / Caradoc-Davies, T. / Fraser, J.D. / Baker, E.N.
履歴
登録2007年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exotoxin 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5214
ポリマ－24,5131
非ポリマー1,0083
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.625, 78.237, 55.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Exotoxin 3 / superantigen-like protein SSL5


分子量: 24513.141 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-234 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: GL10 / 遺伝子: ssl5 / プラスミド: pET32a.3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494 / 参照: UniProt: Q9ZFS6
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Sialyl-Lewis X antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 820.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Sialyl-Lewis X antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-4/a3-b1_a4-c1_c3-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE TETRASACCHARIDE SIALYL-LEWIS X IS PRESENT AS A LIGAND IN THIS STRUCTURE AND IS NOT COVALENTLY ...THE TETRASACCHARIDE SIALYL-LEWIS X IS PRESENT AS A LIGAND IN THIS STRUCTURE AND IS NOT COVALENTLY BOUND TO THE PROTEIN MOLECULE.
配列の詳細THE CONFLICTS BETWEEN THE SEQUENCE FOR THIS STRUCTURE AND THE DATABASE SEQUENCE ARISE FROM THE ...THE CONFLICTS BETWEEN THE SEQUENCE FOR THIS STRUCTURE AND THE DATABASE SEQUENCE ARISE FROM THE ALLELIC VARIATION BETWEEN STAPHYLOCOCCUS AUREUS STRAINS SEEN FOR SOME OF THESE SUPERANTIGEN-LIKE PROTEINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M NaH2PO4, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日 / 詳細: mirror, monochromator
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 5 / 数: 227633 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / D res high: 1.65 Å / D res low: 30.042 Å / Num. obs: 30728 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
1.651.7410010.6670.6677.4
1.741.8410010.3380.3387.4
1.841.9710010.1750.1757.4
1.972.1310010.1030.1037.4
2.132.3310010.0710.0717.4
2.332.6110010.0560.0567.5
2.613.0110010.0470.0477.5
3.013.6910010.0450.0457.5
3.695.2299.210.0450.0457.3
5.2244.1595.610.0370.0377.1
反射解像度: 1.65→30.04 Å / Num. all: 30728 / Num. obs: 30702 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4497 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.78 Å
Translation1.7 Å33.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M4V

1m4v


解像度: 1.65→28.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.434 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1538 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.183 30790 --
obs0.183 30702 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20.37 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→28.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1607 0 67 111 1785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7442.0022306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9132982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1755193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73623.52985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.45915321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3191511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.21206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2360.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8661.51240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3581.5394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09321537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5173922
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5324.5768
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 119 -
Rwork0.255 2152 -
all-2271 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8082-0.0623-0.29626.49891.6811.479-0.00860.2457-0.1155-0.7340.0893-0.2822-0.11770.0022-0.08070.1852-0.00580.00970.1463-0.02340.1012-0.61511.692.881
21.06390.0898-0.13612.81290.21290.6341-0.01630.1064-0.0406-0.27660.05470.0099-0.00230.0358-0.03840.1248-0.004-0.01870.1159-0.01210.1374-7.76515.11812.664
31.88520.4755-0.39133.17370.36211.07380.1307-0.07710.05970.0278-0.07290.1363-0.14880.0322-0.05780.13460.0049-0.00680.1072-0.00350.1084-5.97823.15617.355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA13 - 6017 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2AA61 - 12565 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3AA126 - 204130 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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