[日本語] English
万見
- PDB-2z7f: Crystal structure of the complex of human neutrophil elastase wit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z7f
タイトルCrystal structure of the complex of human neutrophil elastase with 1/2SLPI
要素
  • Antileukoproteinase
  • Leukocyte elastase
キーワードHydrolase/Hydrolase inhibitor / serine protease / serine protease inhibitor / Disease mutation / Glycoprotein / Hydrolase / Zymogen / Secreted / Hydrolase-Hydrolase inhibitor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of process of another organism / leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response ...modulation of process of another organism / leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of chemokine production / Antimicrobial peptides / endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of viral genome replication / pyroptotic inflammatory response / Activation of Matrix Metalloproteinases / cytokine binding / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Collagen degradation / extracellular matrix disassembly / Pyroptosis / phagocytosis / positive regulation of MAP kinase activity / response to UV / phagocytic vesicle / negative regulation of protein binding / Degradation of the extracellular matrix / transcription repressor complex / secretory granule / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / protein catabolic process / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of immune response / negative regulation of inflammatory response / specific granule lumen / intracellular calcium ion homeostasis / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / peptidase activity / heparin binding / protease binding / : / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / immune response / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / Neutrophil degranulation / enzyme binding / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / proteolysis / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / : / Few Secondary Structures ...: / Elafin-like / R-elafin / WAP-type 'four-disulfide core' domain / Elafin-like superfamily / WAP-type (Whey Acidic Protein) 'four-disulfide core' / WAP-type 'four-disulfide core' domain profile. / Four-disulfide core domains / : / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antileukoproteinase / Neutrophil elastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Takimoto-Kamimura, M. / Fukushima, K.
引用ジャーナル: J.SYNCHROTRON RADIAT. / 年: 2008
タイトル: Complex of human neutrophil elastase with 1/2SLPI
著者: Koizumi, M. / Fujino, A. / Fukushima, K. / Kamimura, T. / Takimoto-Kamimura, M.
履歴
登録2007年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: Leukocyte elastase
I: Antileukoproteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5764
ポリマ－28,8422
非ポリマー7352
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area12700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.638, 106.638, 55.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-361-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Leukocyte elastase / Elastase-2 / Neutrophil elastase / PMN elastase / Bone marrow serine protease / Medullasin / Human ...Elastase-2 / Neutrophil elastase / PMN elastase / Bone marrow serine protease / Medullasin / Human leukocyte elastase / HLE


分子量: 23318.982 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptidase S1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: sputum / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase
#2: タンパク質・ペプチド Antileukoproteinase / ALP / Secretory leukocyte protease inhibitor / HUSI-1 / Seminal proteinase inhibitor / BLPI / Mucus ...ALP / Secretory leukocyte protease inhibitor / HUSI-1 / Seminal proteinase inhibitor / BLPI / Mucus proteinase inhibitor / MPI / WAP four-disulfide core domain protein 4 / Protease inhibitor WAP4


分子量: 5522.736 Da / 分子数: 1 / 断片: WAP 2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03973
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Na-Acetate, 2.0M Na-Formate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.32 Å / Num. obs: 35374 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.84 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / 冗長度: 11.96 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 134 / % possible all: 99.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP(CCP4 6.01 suite)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→38.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 1.761 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23062 1770 5 %RANDOM
Rwork0.20285 ---
obs0.20422 33575 99.45 %-
all-35374 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2010 0 48 249 2307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2681.982863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8915266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.48122.44286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91315332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4951522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8491.51365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33622123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9673824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1324.5740
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 134 -
Rwork0.206 2438 -
obs--99.61 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る