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万見
- PDB-2z6e: Crystal Structure of Human DAAM1 FH2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z6e
タイトルCrystal Structure of Human DAAM1 FH2
要素Disheveled-associated activator of morphogenesis 1
キーワードPROTEIN FIBRIL REGULATOR / coiled coil / Alternative splicing / Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


presynaptic actin cytoskeleton organization / PCP/CE pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / motile cilium / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / stress fiber / RHO GTPases Activate Formins ...presynaptic actin cytoskeleton organization / PCP/CE pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / motile cilium / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / stress fiber / RHO GTPases Activate Formins / small GTPase binding / presynapse / actin binding / ciliary basal body / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Formin, FH2 domain / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain ...: / Formin, FH2 domain / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Disheveled-associated activator of morphogenesis 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yamashita, M. / Higashi, T. / Sato, Y. / Shirakawa, R. / Kita, T. / Horiuchi, H. / Fukai, S. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of human DAAM1 formin homology 2 domain
著者: Yamashita, M. / Higashi, T. / Suetsugu, S. / Sato, Y. / Ikeda, T. / Shirakawa, R. / Kita, T. / Takenawa, T. / Horiuchi, H. / Fukai, S. / Nureki, O.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disheveled-associated activator of morphogenesis 1
B: Disheveled-associated activator of morphogenesis 1
C: Disheveled-associated activator of morphogenesis 1
D: Disheveled-associated activator of morphogenesis 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,2164
ポリマ－193,2164
非ポリマー00
水2,198122
1
A: Disheveled-associated activator of morphogenesis 1
B: Disheveled-associated activator of morphogenesis 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6082
ポリマ－96,6082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9740 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area41170 Å2
手法PISA
2
C: Disheveled-associated activator of morphogenesis 1
D: Disheveled-associated activator of morphogenesis 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6082
ポリマ－96,6082
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9710 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area39780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.213, 91.895, 97.681
Angle α, β, γ (deg.)98.12, 90.32, 104.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Disheveled-associated activator of morphogenesis 1 / formin


分子量: 48303.957 Da / 分子数: 4 / 断片: FH2 domain, UNP residues 594-1012 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAAM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y4D1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.9793, 0.9795
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年9月25日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年9月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97931
30.97951
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 49227 / Num. obs: 49227 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.184 / % possible all: 66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3368250.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 2469 5 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 49208 86.8 %-
all-49208 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.0029 Å2 / ksol: 0.278963 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.35 Å216.41 Å25.52 Å2
2--26.63 Å216.3 Å2
3----16.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.82 Å0.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12628 0 0 122 12750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.562.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 323 5 %
Rwork0.413 6094 -
obs--67.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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