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- PDB-2z67: Crystal structure of archaeal O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z67
タイトルCrystal structure of archaeal O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase (SepSecS)
要素O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
キーワードTRANSFERASE / selenocysteine biosynthesis / seven-stranded bete-strand / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Protein biosynthesis / Pyridoxal phosphate / Selenium
機能・相同性
機能・相同性情報


selenotransferase activity / : / O-phospho-L-seryl-tRNASec:L-selenocysteinyl-tRNA synthase / tRNA binding / translation
類似検索 - 分子機能
O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase / SepSecS/SepCysS family / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase, SepSecS / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Araiso, Y. / Ishitani, R. / Pailouer, S. / Oshikane, H. / Domae, N. / Soll, D. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Structural insights into RNA-dependent eukaryal and archaeal selenocysteine formation.
著者: Araiso, Y. / Palioura, S. / Ishitani, R. / Sherrer, R.L. / O'Donoghue, P. / Yuan, J. / Oshikane, H. / Domae, N. / Defranco, J. / Soll, D. / Nureki, O.
履歴
登録2007年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,78110
ポリマ－204,6004
非ポリマー1,1816
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28240 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area56510 Å2
手法PISA
2
C: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8915
ポリマ－102,3002
非ポリマー5903
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9200 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area33200 Å2
手法PISA
3
A: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
B: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8915
ポリマ－102,3002
非ポリマー5903
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9250 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area33090 Å2
手法PISA
4
A: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
D: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,7944
ポリマ－102,3002
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area37230 Å2
手法PISA
5
B: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
C: O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9876
ポリマ－102,3002
非ポリマー6864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area36850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.745, 108.143, 110.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
O-phosphoseryl-tRNA(Sec) selenium transferase / Selenocysteine synthase / Sec synthase / Selenocysteinyl-tRNASec / synthase / Sep-tRNA:Sec-tRNA ...Selenocysteine synthase / Sec synthase / Selenocysteinyl-tRNASec / synthase / Sep-tRNA:Sec-tRNA synthase / SepSecS


分子量: 51150.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌)
株: S2 / 遺伝子: spcS / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)codon plus / 参照: UniProt: Q6LZM9, EC: 2.9.1.-
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9791, 0.9793, 0.9820, 0.9770
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97931
30.9821
40.9771
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 59938 / Num. obs: 59938 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.5→50 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2627 / Rsym value: 0.258 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2595839.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 3020 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 59930 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.9936 Å2 / ksol: 0.311972 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-6.52 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----1.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13548 0 70 146 13764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 477 5.1 %
Rwork0.262 8805 -
obs--91.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2PLP.paramPLP.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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