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- PDB-2z64: Crystal structure of mouse TLR4 and mouse MD-2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z64
タイトルCrystal structure of mouse TLR4 and mouse MD-2 complex
要素
  • Lymphocyte antigen 96
  • Toll-like receptor 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / TLR4 / toll-like receptor / MD-2 / LPS / Disease mutation / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Leucine-rich repeat / Membrane / Transmembrane / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / TRIF-mediated programmed cell death / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / Heme signaling / Regulation of TLR by endogenous ligand / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 ...MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / TRIF-mediated programmed cell death / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / nitric oxide production involved in inflammatory response / MHC class II biosynthetic process / Heme signaling / Regulation of TLR by endogenous ligand / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / lipopolysaccharide immune receptor activity / Toll-like receptor 4 binding / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / lipopolysaccharide receptor complex / innate immune response-activating signaling pathway / regulation of dendritic cell cytokine production / detection of lipopolysaccharide / positive regulation of lymphocyte proliferation / mast cell activation / intestinal epithelial structure maintenance / negative regulation of interleukin-23 production / lymphocyte proliferation / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / wound healing involved in inflammatory response / B cell proliferation involved in immune response / leukotriene metabolic process / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / positive regulation of interleukin-1 production / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / macrophage activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / astrocyte development / microglia differentiation / response to fatty acid / regulation of tumor necrosis factor production / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of platelet activation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / toll-like receptor signaling pathway / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of smooth muscle cell migration / B cell proliferation / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / cellular response to lipoteichoic acid / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of interferon-alpha production / phagocytic cup / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of type II interferon production / phosphatidylinositol 3-kinase binding / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / phagocytosis / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / JNK cascade / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / ruffle / nitric oxide biosynthetic process / ERK1 and ERK2 cascade / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / neurogenesis / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / lipopolysaccharide binding / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to bacterium / microglial cell activation / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction
類似検索 - 分子機能
Lymphocyte antigen 96 / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance ...Lymphocyte antigen 96 / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lymphocyte antigen 96 / Toll-like receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Lee, J.-O. / Kim, H.M. / Park, B.S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the TLR4-MD-2 Complex with Bound Endotoxin Antagonist Eritoran
著者: Kim, H.M. / Park, B.S. / Kim, J.-I. / Kim, S.E. / Lee, J. / Oh, S.C. / Enkhbayar, P. / Matsushima, N. / Lee, H. / Yoo, O.J. / Lee, J.-O.
履歴
登録2007年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 4
C: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,78215
ポリマ－83,4612
非ポリマー4,32113
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area33330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.158, 101.882, 126.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Toll-like receptor 4 / CD284 antigen


分子量: 67950.461 Da / 分子数: 1 / 断片: TLR4, UNP residues 27-625 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tlr4 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: Q9QUK6
#2: タンパク質 Lymphocyte antigen 96 / MD-2 protein / ESOP-1


分子量: 15510.707 Da / 分子数: 1 / 断片: MD-2, UNP residues 21-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Md2 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: Q9JHF9

-
糖 , 4種, 13分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6) ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 154分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ALL POLYSACCHARIDES WERE ORIGINALLY ASSIGNED TO CHAIN N.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na-Cacodylate, 23% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 23932 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.095

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z63

2z63


解像度: 2.84→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 36.744 / SU ML: 0.355 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.464 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: CYS388 AND CYS389 FORMS AN UNUSUAL DISULFIDE BRIDGE AND A DISTORTED CIS PEPTIDE BOND
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29043 1183 5.1 %RANDOM
Rwork0.24206 ---
obs0.24449 22180 90.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å20 Å2
2---5.87 Å20 Å2
3---5.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5867 0 281 154 6302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226307
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4212.0078573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8145732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.94625278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.404151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5561518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.23025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.24206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2860.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6021.53755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.79325952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.42632807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9524.52621
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.835→2.907 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 40 -
Rwork0.325 743 -
obs--41.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0374-0.0046-0.08170.65460.08520.4853-0.02210.0219-0.1763-0.03860.0217-0.01730.0695-0.05270.0004-0.0332-0.00460.0096-0.10540.0588-0.2676-16.61350.3578-1.2051
21.91420.03240.25213.2907-2.42793.2950.0158-0.3642-0.17370.3350.0289-0.20460.27840.2491-0.04470.05050.0237-0.05380.1247-0.0354-0.1756-27.618-11.8520.0202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA27 - 6251 - 599
2X-RAY DIFFRACTION2CB21 - 1551 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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