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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z5q | ||||||
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タイトル | Apo-Fr with intermediate content of Pd ion | ||||||
要素 | Ferritin light chain | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / IRON STORAGE / LIGHT CHAIN APOFERRITIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ueno, T. / Hirata, K. / Abe, M. / Suzuki, M. / Abe, S. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Takata, M. / Watanabe, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 タイトル: Process of accumulation of metal ions on the interior surface of apo-ferritin: crystal structures of a series of apo-ferritins containing variable quantities of Pd(II) ions. 著者: Ueno, T. / Abe, M. / Hirata, K. / Abe, S. / Suzuki, M. / Shimizu, N. / Yamamoto, M. / Takata, M. / Watanabe, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z5q.cif.gz | 55 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z5q.ent.gz | 40.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z5q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2z5q_validation.pdf.gz | 438.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2z5q_full_validation.pdf.gz | 441.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2z5q_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2z5q_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/2z5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/2z5q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19872.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 組織: Spleen / 遺伝子: FTL / プラスミド: pMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova Blue / 参照: UniProt: P02791 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PD / #3: 化合物 | ChemComp-CD / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Ammonium sulfate, Cadmium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15240 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 42.7 % / Biso Wilson estimate: 23.099 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 70.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.103→2.23 Å / 冗長度: 44.1 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 18.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DAT 解像度: 2.1→40.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 3.753 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: THE AUTHORS USED ONLY ONE CRYSTAL FOR TWO DATA COLLECTIONS. DIFFRACTION DATA WERE COLLECTED WITH TWO DIFFERENCE WAVELENGTHS USING ONE CRYSTAL.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.279 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.103→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
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