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- PDB-2z51: Crystal structure of Arabidopsis CnfU involved in iron-sulfur clu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z51
タイトルCrystal structure of Arabidopsis CnfU involved in iron-sulfur cluster biosynthesis
要素NifU-like protein 2, chloroplast
キーワードMETAL TRANSPORT / CnfU / iron-sulfur cluster biosynthesis / Nif
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast organization / chloroplast stroma / iron-sulfur cluster assembly / chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
NIF system FeS cluster assembly, NifU, C-terminal / NifU-like domain / Fe-S cluster assembly (FSCA) / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NifU-like protein 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Yabe, T. / Yamashita, E. / Nakai, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Analysis of Arabidopsis CnfU Protein: An Iron-Sulfur Cluster Biosynthetic Scaffold in Chloroplasts.
著者: Yabe, T. / Yamashita, E. / Kikuchi, A. / Morimoto, K. / Nakagawa, A. / Tsukihara, T. / Nakai, M.
履歴
登録2007年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NifU-like protein 2, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8713
ポリマ－16,8221
非ポリマー492
水5,098283
1
A: NifU-like protein 2, chloroplast
ヘテロ分子

A: NifU-like protein 2, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7426
ポリマ－33,6452
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.546, 57.394, 61.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number16
Space group name H-MP222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

HOH

21A-238-

HOH

31A-290-

HOH

41A-324-

HOH

51A-333-

HOH

61A-423-

HOH

71A-448-

HOH

81A-455-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NifU-like protein 2, chloroplast / AtCNfu2 / AtCnfU-V


分子量: 16822.488 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-154 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NIFU2, CNFU2, NFU2 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93W20
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細VAL A 36 WAS MUTATED BY PCR ERROR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 1000, MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月17日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→61.31 Å / Num. obs: 34580 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.348→1.383 Å / % possible all: 97.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.35→61.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.546 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17338 1766 5.1 %RANDOM
Rwork0.13477 ---
all0.13671 ---
obs0.13671 32814 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.328 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→61.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1193 0 2 283 1478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0221206
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6342.0191632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9595153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69826.04248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00415240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.466158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2920.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.270.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3480.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1390.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4750.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1991.5801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.11921271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7663445
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8914.5361
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.38931246
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.9823285
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.33231193
LS精密化 シェル解像度: 1.348→1.383 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 127 -
Rwork0.148 2331 -
obs-2331 97.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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