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万見
- PDB-2z4h: Crystal structure of the Cpx pathway activator NlpE from Escheric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z4h
タイトルCrystal structure of the Cpx pathway activator NlpE from Escherichia coli
要素Copper homeostasis protein cutF
キーワードSIGNALING PROTEIN ACTIVATOR / OUTER MEMBLANE LIPOPROTEIN / BETA BARREL (Βバレル) / OB-FOLD / 3D DOMAIN SWAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell-substrate adhesion / stress response to copper ion / cell outer membrane / 細胞接着 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
NlpE, N-terminal domain / NlpE, C-terminal domain / NlpE, C-terminal OB domain / NlpE, C-terminal domain superfamily / NlpE, N-terminal domain superfamily / NlpE C-terminal OB domain / Copper resistance lipoprotein NlpE / NlpE N-terminal domain / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...NlpE, N-terminal domain / NlpE, C-terminal domain / NlpE, C-terminal OB domain / NlpE, C-terminal domain superfamily / NlpE, N-terminal domain superfamily / NlpE C-terminal OB domain / Copper resistance lipoprotein NlpE / NlpE N-terminal domain / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hirano, Y. / Hossain, M.M. / Takeda, K. / Tokuda, H. / Miki, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural Studies of the Cpx Pathway Activator NlpE on the Outer Membrane of Escherichia coli
著者: Hirano, Y. / Hossain, M.M. / Takeda, K. / Tokuda, H. / Miki, K.
履歴
登録2007年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper homeostasis protein cutF
B: Copper homeostasis protein cutF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3713
ポリマ－51,2752
非ポリマー961
水0
1
A: Copper homeostasis protein cutF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6381
ポリマ－25,6381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Copper homeostasis protein cutF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7342
ポリマ－25,6381
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.155, 121.155, 83.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Copper homeostasis protein cutF / Lipoprotein nlpE


分子量: 25637.617 Da / 分子数: 2 / 変異: C1A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nlpE / プラスミド: pKT-mNlpE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40710
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 14% PEG 8000, 0.05M sodium citrate, 0.16M zinc sulfate, 40% D-sorbitol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44B211.6
シンクロトロンSPring-8 BL44B220.9792, 0.9797, 0.9700, 0.9900
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2004年11月18日
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.61
20.97921
30.97971
40.971
50.991
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 15130 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 51.8 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→38.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 2206700.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 715 4.7 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs-15111 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.4274 Å2 / ksol: 0.409389 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.58 Å20 Å20 Å2
2---13.58 Å20 Å2
3---27.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2945 0 5 0 2950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.032.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 107 5.2 %
Rwork0.364 1933 -
obs--79.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2sulfate.paramsulfate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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