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- PDB-2z48: Crystal Structure of Hemolytic Lectin CEL-III Complexed with GalNac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z48
タイトルCrystal Structure of Hemolytic Lectin CEL-III Complexed with GalNac
要素Hemolytic lectin CEL-III
キーワードTOXIN / Lectin / CEL-III / Hemolysis / Hemagglutination / Pore-forming / Calcium / Magnesium / GalNac
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of erythrocyte aggregation / melibiose binding / cell killing / N-acetylgalactosamine binding / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucose binding / disruption of plasma membrane integrity in another organism / hemolysis in another organism / lactose binding / galactose binding ...positive regulation of erythrocyte aggregation / melibiose binding / cell killing / N-acetylgalactosamine binding / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucose binding / disruption of plasma membrane integrity in another organism / hemolysis in another organism / lactose binding / galactose binding / protein O-linked glycosylation / protein homooligomerization / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding / magnesium ion binding / Golgi apparatus / extracellular space
類似検索 - 分子機能
hemolytic lectin cel-iii, domain 3 / Hemolytic lectin CEL-III, C-terminal domain / Hemolytic lectin CEL-III, C-terminal domain superfamily / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...hemolytic lectin cel-iii, domain 3 / Hemolytic lectin CEL-III, C-terminal domain / Hemolytic lectin CEL-III, C-terminal domain superfamily / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Galactose/N-acetylgalactosamine-binding lectin CEL-III
類似検索 - 構成要素
生物種Cucumaria echinata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hatakeyama, T. / Unno, H. / Eto, S. / Hidemura, H. / Uchida, T. / Kouzuma, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: C-type lectin-like carbohydrate-recognition of the hemolytic lectin CEL-III containing ricin-type beta-trefoil folds
著者: Hatakeyama, T. / Unno, H. / Kouzuma, Y. / Uchida, T. / Eto, S. / Hidemura, H. / Kato, N. / Yonekura, M. / Kusunoki, M.
履歴
登録2007年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月25日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 3.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolytic lectin CEL-III
B: Hemolytic lectin CEL-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,05728
ポリマ－94,9042
非ポリマー3,15226
水15,097838
1
A: Hemolytic lectin CEL-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,02814
ポリマ－47,4521
非ポリマー1,57613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hemolytic lectin CEL-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,02814
ポリマ－47,4521
非ポリマー1,57613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.637, 65.169, 66.675
Angle α, β, γ (deg.)85.30, 73.55, 89.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 432 / Label seq-ID: 2 - 432

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemolytic lectin CEL-III


分子量: 47452.164 Da / 分子数: 2 / 断片: residues in database 11-442 / 変異: Q11PCA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cucumaria echinata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli / 参照: UniProt: Q868M7

-
糖 , 2種, 12分子

#2: 糖
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 852分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THERE ARE 13 DIFFERENCES BETWEEN THE DEPOSITORS DATA AND THE GENETIC SEQUENCE. THERE IS NO QUESTION ...THERE ARE 13 DIFFERENCES BETWEEN THE DEPOSITORS DATA AND THE GENETIC SEQUENCE. THERE IS NO QUESTION FROM THE ELECTRON DENSITY THAT THESE RESIDUES ARE NOT DATABASE SEQUENCE. THE DEPOSITORS THINK THAT THERE ARE SEVERAL ISOPROTEINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10mM GalNac, 12% PEG 8000, 100mM Bis-Tris/NaOH, 200mM magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: BRUKER DIP-6040B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→64.96 Å / Num. obs: 89844 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VCL

1vcl


解像度: 1.7→64.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.14 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21752 4489 5 %RANDOM
Rwork0.18455 ---
obs0.18618 85355 96.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.532 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→64.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6610 0 194 838 7642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9659430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6525860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.89725.482332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.078151096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1321536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.23350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.24778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0580.236
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8661.54345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3426844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17832950
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3044.52586
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3306 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.080.05
tight thermal0.230.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 359 -
Rwork0.225 6188 -
obs--95.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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