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万見
- PDB-2z3t: Crystal Structure of Substrate Free Cytochrome P450 StaP (CYP245A1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z3t
タイトルCrystal Structure of Substrate Free Cytochrome P450 StaP (CYP245A1)
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / monoxygenase / oxydoreductase / heme-enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. TP-A0274 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Makino, M. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Asamizu, S. / Onaka, H. / Nagano, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Crystal structures and catalytic mechanism of cytochrome P450 StaP that produces the indolocarbazole skeleton
著者: Makino, M. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Asamizu, S. / Onaka, H. / Nagano, S.
履歴
登録2007年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
C: Cytochrome P450
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,35021
ポリマ－189,0494
非ポリマー3,30117
水7,674426
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0725
ポリマ－47,2621
非ポリマー8104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1967
ポリマ－47,2621
非ポリマー9346
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0104
ポリマ－47,2621
非ポリマー7483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0725
ポリマ－47,2621
非ポリマー8104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.640, 78.718, 145.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450


分子量: 47262.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. TP-A0274 (バクテリア)
遺伝子: staP / プラスミド: pET26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83WG3, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 22% PEG 3350, 50mM potassium fluoride, 100mM imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44B211
シンクロトロンSPring-8 BL44B221.7330, 1.7382, 1.7403
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年9月28日
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年9月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SiMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.7331
31.73821
41.74031
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: -h,-k,h+l / Fraction: 0.453
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 138934 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.42 Å2 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 20.66
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.34 / Num. unique all: 10180 / Rsym value: 0.416 / % possible all: 67.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 11960
詳細: Used twin_lsq target. Twin fraction 0.453. Twin low -h, -k, h+l
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 5865 3.9 %thin shells, no twin-related reflections spread across both sets
Rwork0.228 ---
obs-119987 79 %-
溶媒の処理Bsol: 59.704 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 43.856 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.129 Å20 Å2-0.076 Å2
2--10.064 Å20 Å2
3----3.935 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11988 0 228 426 12642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.536
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 448 -
Rwork0.332 --
obs-8000 52.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3hem.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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