PDB-2z38: Crystal structure of chloride bound Brassica juncea chitinase cat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z38

タイトル

Crystal structure of chloride bound Brassica juncea chitinase catalytic module (Bjchi3)

要素

Chitinase

キーワード

HYDROLASE / chitinase / endochitinase / family 19 / conformational changes

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to other organism / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Brassica juncea (カラシナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ubhayasekera, W. / Bergfors, T. / Mowbray, S.L.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of a family 19 chitinase from Brassica juncea show flexibility of binding cleft loops
著者: Ubhayasekera, W. / Tang, C.M. / Ho, S.W.T. / Berglund, G. / Bergfors, T. / Chye, M.-L. / Mowbray, S.L.

履歴

登録	2007年6月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z38.cif.gz	120.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z38.ent.gz	90.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z38.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2z38_validation.pdf.gz	417.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2z38_full_validation.pdf.gz	417.8 KB	表示
XML形式データ	2z38_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	2z38_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/2z38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/2z38	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z37SC 2z39C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z37-4 2z39-2 2z37-1 4dyg-2 3zxy-d 4dwx-1 4dwx-2 6tn4-d 3iwr-1 2z37-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase

ヘテロ分子

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.475, 49.195, 100.907
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the catalytic module with two chitin binding modules connected by linkers

#1: タンパク質	Chitinase 分子量: 27387.555 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic module, UNP residues 145-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica juncea (カラシナ) / 遺伝子: Bjchi1 / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: Q9SQF7, chitinase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 25% mono methyl PEG 5000, 0.5M LiCl, 0.1M cacodylate buffer, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.934 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 19.7 / 数: 156970 / R_merge(I) obs: 0.112 / Χ²: 1.08 / D res high: 1.8 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 23001 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
1.8	1.83	100	1	0.311	1.259	6.9
4.88	30	95.8	1	0.088	0.951	5.7
3.88	4.88	99.4	1	0.074	1.082	6.5
3.39	3.88	99.8	1	0.075	1.014	6.9
3.08	3.39	100	1	0.079	0.979	7.1
2.86	3.08	100	1	0.087	1.031	7.1
2.69	2.86	100	1	0.093	1.129	7.1
2.55	2.69	99.9	1	0.104	1.042	7.1
2.44	2.55	99.9	1	0.108	1.009	7.1
2.35	2.44	99.8	1	0.147	0.98	5
2.27	2.35	100	1	0.131	0.953	6.8
2.2	2.27	100	1	0.138	1.006	6.4
2.13	2.2	100	1	0.139	1.128	7
2.08	2.13	100	1	0.134	1.18	7.2
2.03	2.08	100	1	0.185	1.154	7.1
1.98	2.03	100	1	0.268	0.923	6.7
1.94	1.98	100	1	0.233	1.011	7.1
1.9	1.94	100	1	0.234	1.243	7.2
1.86	1.9	100	1	0.249	1.232	7.2
1.83	1.86	100	1	0.272	1.239	7.2

反射

解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 23001 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Χ²: 1.081 / Net I/σ(I): 19.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	6.9	0.311	1125	1.259	100
1.83-1.86	7.2	0.272	1138	1.239	100
1.86-1.9	7.2	0.249	1139	1.232	100
1.9-1.94	7.2	0.234	1131	1.243	100
1.94-1.98	7.1	0.233	1117	1.011	100
1.98-2.03	6.7	0.268	1140	0.923	100
2.03-2.08	7.1	0.185	1130	1.154	100
2.08-2.13	7.2	0.134	1152	1.18	100
2.13-2.2	7	0.139	1130	1.128	100
2.2-2.27	6.4	0.138	1124	1.006	100
2.27-2.35	6.8	0.131	1163	0.953	100
2.35-2.44	5	0.147	1146	0.98	99.8
2.44-2.55	7.1	0.108	1147	1.009	99.9
2.55-2.69	7.1	0.104	1121	1.042	99.9
2.69-2.86	7.1	0.093	1173	1.129	100
2.86-3.08	7.1	0.087	1159	1.031	100
3.08-3.39	7.1	0.079	1166	0.979	100
3.39-3.88	6.9	0.075	1178	1.014	99.8
3.88-4.88	6.5	0.074	1199	1.082	99.4
4.88-30	5.7	0.088	1223	0.951	95.8

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.2 Å	27.63 Å
Translation	2.2 Å	27.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z37

2z37

解像度: 1.8→27.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 4.349 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.315 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	1382	6 %	RANDOM
R_work	0.155	-	-	-
obs	0.157	22946	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.079 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1936	0	12	249	2197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.156	1.93	2726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.826	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.992	24.227	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.101	15	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.861	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.071	1.5	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.688	2	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.744	3	868
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.123	4.5	745

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.172	80	-
R_work	0.113	1533	-
obs	-	1613	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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